乾隆第一次征准噶尔出奇的顺利，同准部内乱、阿睦尔撒纳的降清有着直接的关系。在兵不血刃占领伊犁的辉煌战果下，掩盖着新的危机——阿睦尔撒纳企图利用清军远征击败达瓦齐、夺取准噶尔汗并进而控制整个西蒙古的野心，因军事上的胜利而急剧膨胀；清军因仓促远征无法在短期内解决数万大军的粮草转运，在击败达瓦齐后不得不撤退主力所造成的鞭长莫及的现状又给了阿睦尔撒纳可乘之机；诚可谓：福兮，祸之所倚。

乾隆在二十年十一月任命策凌为定西将军，任命扎拉丰阿为定边右副将军，筹办再次进兵伊犁事宜，揭开第二次征准的序幕。第一次征准，不仅要对付阿睦尔撤纳及其同党，还要对付那些响应阿睦尔撒纳的西蒙古四部的大小头目。在阿睦尔撒纳发动叛乱后，乾隆在热河行宫(即承德避暑山庄)接见前来朝觐的西蒙古各部贵族，改封巴雅尔为辉特汗。沙克都为和硕特汗，噶尔藏为准策凌噶尔汗，但这些新册封的汗一回到西陲就成为阿睦尔撒纳的支持者，在西蒙古四汗中只有车凌汗约束部众，未卷人阿睦尔撒纳所发动的叛乱。

比世俗封建贵族更难对付的则是披着宗教外衣的分裂分子，阿睦尔撒纳在发动叛乱后五个月——乾隆二十年十二月才进入伊犁，在伊犁即汗位。而在此之前，在伊犁兴风作浪、袭击清军的主要是伊犁的那些喇嘛。正像乾隆所指出的''此番伊犁扰乱，半由喇嘛从中作恶。。由于蒙古各部对喇嘛教信奉极深，对从乱喇嘛的处理就需要相当谨慎。为此乾隆告诫策凌。应将喇嘛中起意倡乱之人即行正法，其情罪稍有可原者，量从宽典。。换言之首恶者处死，胁从者从宽，总之要体现区别对待。

此外，乾隆还要及时解决一系列突发事变。

土谢图汗部亲王额琳沁多尔济，原本是随同清军远征达瓦齐的，在奉命监视阿睦尔撒纳到京觐见的过程中，竟然疏于防范，听信阿睦尔撒纳的谎言，使其得以逃脱，发动叛乱，破坏了乾隆防患于未然的部署，不得不筹备第二次征准。实际上乾隆最担心的就是''不能安静守分''的阿睦尔撒纳途中逃脱，在六月二十八日发出的密谕中明确指出。阿睦尔撒纳若仍未起程，班第等既行密商，将其擒拿。如阿睦尔撒纳起身前来，则俟伊到时，朕当另行处理。

阿睦尔撒纳的叛逃，使得伊犁局势急剧恶化，而这一切本来是可以避免的，为此乾隆下令逮捕对此负有不可推卸责任的额琳沁多尔济，并赐其自尽。对额琳沁多尔济的严肃处理，使得给阿睦尔撒纳通风报信、致使阿睦尔撒纳逃走的喀尔喀贵族——扎萨克图汗部所属和托辉特部郡王青衮咱卜如坐针毡，一旦乾隆查清泄密者的身份，青衮咱卜肯定会受到比额琳沁多尔济更严厉的处置。于是青衮咱卜利用额琳沁多尔济被处死煽动喀尔喀贵族对清政府的不满，致使由喀尔喀负责的台站全部瘫痪，乾隆同平准将领的联络完全中断。于是各降夷亦皆变。西征局势危如累卵，一发千钧，乾隆第二次平准遇到严重挫折。

乾隆对额琳沁多尔济的处置的确有些操之过急，如果等到平定阿睦尔撤纳后再行处置，青衮咱卜就很难掀起那么大的波澜，撒台之变也许是可以避免的。但乾隆毕竟是位长于应付突然事变的君主，为了扭转极为不利的局面，他一方面任命喀尔喀赛因诺颜部部长策凌——康熙第十女的额驸一的儿子成衮扎布为定边左副将军，带兵擒拿青衮咱卜；另方面派遣在蒙古各部有绝对权威的哲布尊巴丹活佛(额琳沁多尔济之弟)、章嘉活佛，召集喀尔喀各部王公会盟以安定喀尔喀王公的情绪，并令彼等把擅自撤回的台站人员召回，仍旧当差，使被撤的台站很快得到恢复，从而化险为夷。

在台站恢复后，乾隆立即命令成衮扎布、兆惠大举进军!一举挫败阿睦尔撒纳所发动的叛乱，收复天山南北的广本飞区，时为乾隆二十二年(1757)三月。虽然清军未能生擒阿睦尔撤纳，但侥幸逃脱的阿睦尔撤纳身边只剩下二十几个侍从，而且是走投无路，到该年六月逃到俄罗斯，并于八月十日死于天花。

历经康、雍、乾三朝近七十年(康熙二十九年至乾隆二年，1690-1757)的经营，清朝统治者终于彻底平定威胁北部、西北部地区的准噶尔部。