且说大清康熙年间，扬州巨富韦小宝受幼年好友康熙所邀，携带七夫人，沿大运河进京，路遇天地会众拦截，指责其有负恩师陈近南嘱咐，不以天下为己任，甚至讨好清廷。韦小宝被逼无奈，遂答应暗中反清复明。于是天地会任命韦小宝为青木堂堂主。

韦小宝进得京中，先暗中搭救了反清义士茅十八，又痛打了投降清廷的冯锡范、郑克爽，并勒索了大笔银子，与郑克爽结下仇怨。

此后，大清和俄罗斯在尼布楚划界谈判。康熙皇帝以韦小宝精明，派其为大臣，前往尼布楚谈判。谈判中，韦小宝拿出扬州商人和无赖的手段，凌辱逼迫俄罗斯代表费要多罗，签下对俄罗斯极为屈辱的条约。

女沙皇苏菲亚大怒，撕毁条约，起兵来犯。韦小宝闻俄罗斯军凶残，主动请缨，率领清军大败俄军于雅克萨，冻僵总督托尔布津。中途缴获大笔钱财，遂埋藏于雅克萨城外山脚，更将地图绘制在羊皮纸上。

康熙闻知得胜，龙颜大悦，召见韦小宝，封为鹿鼎公，又认韦小宝之妻健宁为妹。韦小宝见康熙英明神武，不禁倾倒，发誓忠于康熙，忘却了在运河上的发誓。

俄罗斯畏惧大清天威，遂勾结平西王吴三桂和神龙教洪教主造反，企图内外夹击。韦小宝深入神龙岛内应，半途恰好碰见郑克爽因为不满韦小宝先前蹂躏，在台湾起兵造反。双方冤家路窄，相逢岛上。冯锡范和郑克爽正企图杀害韦小宝的恩师陈近南。韦小宝大怒出手，又把二人蹂躏一顿。谁知韦小宝之妻李阿珂见郑克爽起兵反清复明，大为倾倒，又怒韦小宝甘做清廷走狗，遂出手帮助冯锡范和郑克爽逃走。韦小宝夫人只剩六个。

韦小宝继续深入神龙岛，一番花言巧语，挑拨五龙使与洪教主争斗。谁知洪教主老奸巨猾，看穿了韦小宝的奸计，出手擒住韦小宝，反而趁机凝聚了教内人心。洪教主欲杀韦小宝祭神龙，韦小宝的夫人苏荃见丈夫危在旦夕，只得忍辱负重，委身洪教主。洪教主见色起意，释放余人。

韦小宝带着剩下五个老婆回北京，进京之后，恰逢神拳无敌归辛树来刺杀康熙被俘。韦小宝处于江湖道义，悄然释放归家三人，谁知三人反而跃起刺杀康熙，韦小宝又替康熙挡了一剑。归辛树愤而找韦小宝算账，又逢韦小宝赌博出千。归辛树怒欲杀韦小宝，幸得何铁手麻翻归辛树，救了韦小宝。

此后，韦小宝正逢扬州知府吴之荣北上，得知其欲出卖天地会，遂半路将其逮捕，押回老家扬州。在扬州大院，韦小宝与几个夫人同床正在风流，又遭神龙教突袭。韦小宝及其结义兄弟桑杰、葛尔丹等均被擒获，幸亏苏荃念及旧情，放走韦小宝。韦小宝的另两个老婆沐剑屏和方怡却被逼入神龙教。韦小宝只剩下三个老婆了。

随后，康熙派韦小宝出使俄罗斯，再度议和。韦小宝到俄罗斯，施展美男计，让摄政女王苏菲亚神魂颠倒，疏于防备，终被皇太后发动政变，囚禁在猎宫中。韦小宝见苏菲亚以泪洗面，有所不忍，帮助苏菲亚逃出猎宫，往东方避难。到东方后，却又遇上了洪教主。原来韦小宝去俄罗斯后，康熙派施琅带兵围剿神龙岛，却因众心不一，被洪教主打败，神龙教神威大震。韦小宝只得施展本领，设计从洪教主手中逃出。

韦小宝回到北京后，得知自己在俄罗斯期间，康熙为了平息吴三桂之乱，已经把他的老婆建宁公主许嫁给吴三桂之子吴应熊。韦小宝为了大清江山，再度忍辱负重，亲自送亲。谁知途中，吴三桂手下的迎亲兵马在半路企图袭击王屋山。韦小宝另一个老婆曾柔本是王屋派的，又见韦小宝如此无情，悲愤之下，潜逃回王屋山，劝同门多加防备。至此，韦小宝身边只剩下双儿一人。

韦小宝回京途中，被李阿珂的师傅九难擒获，送入少林寺惩戒。韦小宝在少林寺中，巧遇出家的顺治皇帝。顺治皇帝告诉韦小宝一计。不久，顺治遭遇喇嘛围攻，韦小宝将消息送给康熙，带兵来救了顺治。

康熙走后，韦小宝带着双儿回京，却在近郊又被陆高轩和胖头陀擒上神龙岛。幸亏苏荃此时已经掌握神龙教大权，训练自己的孩儿兵，打压神龙教的中高层。于是韦小宝因祸得福，不但未曾被杀，反而受封白龙使。但韦小宝人在曹营心在汉，很快在方怡的帮助下逃回大陆。神龙教高手紧追。双方在庄家遭遇，韦小宝一行陷入危急。幸亏庄家和沐王府来救，韦小宝才得以脱身。但双儿却也回归庄家。

韦小宝入京之后，恰逢沐王府大举入宫行刺，在庄家被沐王府救走的方怡和沐剑屏也在其中，并且受伤。韦小宝见两位老婆失而复得，大喜，将其藏在被子里，又救了被擒的刘一舟等人。谁知半夜刘一舟等再入皇宫，又把方怡、沐剑屏盗走。

韦小宝见七个老婆尽失，彻底绝望。他按照顺治皇帝建议，把重宝地图切成数千碎片，分散藏于八本四十二章经中，分赠给满清大臣。自己成天吃喝嫖赌。陈近南闻讯，开香堂，将韦小宝革出师门，驱出天地会。

此时京中风云涌动，权臣鳌拜步步紧逼，康熙苦不堪言。韦小宝见家国如此，万念俱灰之下，竟然顶撞康熙皇帝，与他当面一场斗殴，发泄了多日郁闷。正打得痛快，却被顺治忠臣海大富逮捕。千钧一发之际，茅十八冒死入宫救了韦小宝出去，但家财全数被鳌拜、索额图吞并。茅十八带韦小宝回了扬州，路遇黑龙鞭史松，茅十八受困，韦小宝用石灰大法杀死史松，反被茅十八殴打，一怒之下，好友绝交，韦小宝自回故乡。

过得数年，因清廷外有三藩，内有鳌拜，摇摇欲坠。陈近南趁机联络沐王府、台湾郑家等起兵。顺治皇帝闻讯，紧急回宫，召集满清贵族，退回东北，按照八部四十二章经的地图拼起来，挖出鹿鼎山的财宝作为国库。

反清复明宣告成功。因韦小宝身为天地会堂主，却甘做清廷走狗，本当受三刀六眼之刑。念在其为人尚讲义气，只罚其母亲韦春花入勾栏，韦小宝做一小小龟奴，以为惩戒。