沙迷查干汗继承父亲的汗位后,马上就遇到了一个大难题:1405年西部的帖木儿帝国打算东征明朝,要东察合台汗国协助。此时的帖木儿帝国,已经是一个首都是撒马尔罕,领土从德里到大马士革、从咸海到波斯湾的大帝国。其大帝帖木儿击败了金帐汗国、奥斯曼土耳其、德里苏丹、伊儿汗国等所有强国,现在打算向世界上另一个超级大国明朝宣战。而要进攻明朝,必须要途经东察合台汗国的领土。这对于沙迷查干汗实在是太勉为其难了,他不敢得罪帖木儿帝国，但更不愿意和明朝为敌。

帖木儿的使臣来到汗国时,沙迷查干正在用餐，宰相忽歹达为他把盏,听到消息,沙迷查干汗大惊失色,酒杯失手落地。忽歹达连忙劝道:"有人说,一个苹果抛到空中还没有落下之前,真主就可以赐予百件吉祥。那么在一年的时间内,真主岂不是能赐予千万件恩惠吗?这样一想,殿下就可以放心。沙迷查干汗听取了忽歹达的谏言,既不拒绝,也不积极准备,而是等待着时局的变化。果然,1405年2月19日,帖木儿的征伐刚刚开始,他便死于途中。而强大无比的帖木儿帝国在帖木儿死后,迅速陷入诸子争位的内讧中,国家出现分裂。沙迷查干汗见到强敌有变,连忙调整军事部署,宣布不再是帖木儿帝国的附庸,而是遣使明朝修好。甚至有打算趁乱出兵,收复撒马尔罕等地。但毕竟刚恢复起来的国力是负担不起这样的战争的,沙迷查干虽然遣使明朝说出自己有这样的想法,但终究没有实施。

1408年,沙迷查干病逝,其弟弟马哈麻继位,忽歹达继续担任宰相。马哈麻汗在位六年,继续实行保境安民的政策,对于帖木儿帝国虽然不再自居于附庸,但也维持良好关系,对于明朝也继续遣使纳贡。而就在他即位的同年,一个名叫本雅失里的元朝王子来到了东察合台汗国。本雅失里是元朝末代皇帝元惠宗妥欢帖木儿的曾孙。元朝灭亡后元惠宗北逃,继续元朝国号,史称北元。元惠宗死后,其子北元昭宗爱猷识理达腊即位,北元昭宗死后,其弟北元益宗脱古思帖木儿即位。北元益宗后被阿里不哥后裔也速迭儿袭杀,也速迭儿及其子先后成为北元皇帝。

1394年,掌控北元实权的太师、卫拉特部首领猛哥帖木儿立北元昭宗之子买的礼巴剌为帝。但在五年后,君臣之间发生矛盾,猛哥帖木儿杀买的礼巴剌。而买的礼巴剌的儿子本雅失里则逃亡到了帖木儿帝国。本雅失里本打算依靠帖木儿帝国恢复皇位,但没想到帖木儿在出征明朝时死于半途,于是来到东察合台汗面对这位根正苗红的大元帝室之胄,马哈麻汗很高兴,他和诸位贵族商议,打算让本雅失里在自己这里即皇帝位,然后由自己护送回北元。

但这个消息让明朝非常不安,元朝帝裔真是明朝的心腹之患,如果由东察合台汗国立其为帝,很有可能会造成西北的严重边患。于是,明成祖朱棣采取各种手段阻止,又是加强边关戒备,又是派出使臣劝阻,马哈麻汗也感到有明朝在旁边事情太复杂,于是放弃了拥立本雅失里。本雅失里只得轻车简从回北元去了。而本雅失里回到北元后,很快便被拥立为大汗,不但重创了卫拉特部的势力,还消灭了明朝讨伐他的十万大军,最后逼着明成祖朱棣亲自领兵北征。这么一个厉害人物,若马哈麻汗真的拥立他为帝,恐怕会给东察合台汗国带来无数麻烦。

1415年,马哈麻汗病逝,忽歹达拥立他的侄子,沙迷查干汗之子纳黑失之罕为汗。这位汗在位三年,继续萧规曹随,和周边的势力维持和平,将妹妹嫁给帖木儿帝国第二任统治者沙哈鲁,并和明朝继续保持朝贡关系。1418年,纳黑失之罕卒,忽歹达拥立了马哈麻汗的儿子失儿马黑麻为汗。从黑的儿火者到现在,东察合台汗国的汗位已经平稳交接五任了,这都是因为有着贤相忽歹达。

而这回,汗位传承却出现了反对者,失儿马黑麻汗的侄子歪思不服叔叔,起而争位。歪思是马哈麻汗之子失儿阿里之子,父亲早逝,因此一直在叔父失儿马黑麻身边。可当叔父成为可汗后,他"不安于这种情况,于是就逃出宫廷从事掠夺生涯"。虽然歪思得到很多青年贵族的支持,但失儿马黑麻汗有忽歹达的帮助,歪思毫无胜算。后来他逃到河中地区,与帖木儿帝国的一位将军结盟,娶这位将军之女为妻,在岳父的帮助下回国争位。但几经拉锯,他最终还是没能打败叔父。

1420年,失儿马黑麻汗病逝,谁来做可汗就成为结束内战恢复安定的重要问题。忠于失儿马黑麻汗的贵族们都反感歪思,"部属们是时处在种十分愤怒的情绪中"。而德高望重的忽歹达再次站了出来,为了汗国的稳定,他出面安抚了贵族们,让大家拥立歪思为汗。于是,歪思即位为汗,到他为止,忽歹达已经拥立和扶持了六位汗,算得上劳苦功高。而他以一己之力便可左右汗位传承的能量也使得歪思汗极不放心。于是歪思汗开始排挤这位老臣,而忽歹达也主动放弃了权位,提出要到麦加朝圣。忽歹达离开东察合台汗国后再也没有回来,这位察合台汗国历史上了不起的政治家远离了政治纷争,余生在巡游中度过,先后造访了麦加、麦地那等伊斯兰教圣地,最后在麦地那安然去世。

歪思汗被后世伊斯兰史家赞誉为"对宗教非常热忱,而且英武过人"。他的即位确实改变了东察合台汗国的对外政策,不再维持和平,而是积极向四邻进攻。向西,开始向已经衰弱的帖木儿帝国挑战,向东北,则与卫拉特人鏖战不休。与帖木儿帝国的战争互有胜负,歪思汗没有占到更多便宜。而对于卫拉特人的战争,则让他饱受屈辱。卫拉特人便是明朝史籍中所称的"瓦剌"。这个部族在元末明初时崛起,一度控制了北元朝廷,世袭北元的太师职位。到歪思汗即位时,卫拉特人的首领是脱欢太师,这位太师派自己的儿子也先经营卫拉特人的故地。

卫拉特人的故地毗邻西南与别失八里、哈密毗连,最东到达达札布汗河、科布多河流域,正好在察合台汗国的东北部。歪思汗以伊斯兰教宗教保护者自居,视卫拉特人为异教徒因此屡屡发兵与之作战。然而,镇守卫拉特故地的也先可是一位了不得的英雄,日后他能以两万军队全歼明朝五十万大军,俘虏明朝的英宗皇帝。

歪思汗虽被称为"英武过人",但对打仗并不很在行,与已经衰落的帖木儿帝国交锋尚且有胜有败,如何能是年轻气盛的也先的对手?结果,双方"总共打了六十一次仗",除了一次之外,每次都遭到惨败。歪思汗损兵折将,丧城失地,自己也连续两次被俘虏。第一次是在明拉克一战中,歪思汗被俘,也先此时还表现出对黄金家族的尊重,"以优礼相待,将之释放"。第二次则在吐鲁番被俘,也先表示:"这回只有你把妹妹马黑土木哈尼木给我作赎礼,我才能放你歪思汗无奈,只好把妹妹送给也先做妻子,才换回了自由。连妹妹都赔上了,歪思汗自然没有脸面再和卫拉特人交战,他转而向西方的帖木儿帝国发动攻击,希图能获得回报。

1432年,歪思汗向帖木儿帝国镇守撒马尔罕的沙兔克汗进攻,结果在作战中,被他的一个护卫放箭误杀。而沙兔克汗趁势进兵,占领了东察合台汗国的略什噶尔。歪思汗在位时,东察合台汗国的汗权有所提升,他摆脱了权臣,自己乾纲独断。但是,一个人所拥有的权力必须要和自己的能力相匹配,如果有权而无能,则只能坏事。歪思汗穷兵默武,四面树敌,而又难以获得胜利,东察合台汗国在他的手中饱受创伤,在他死后更是迅速陷入分裂。