皇帝婚后按惯例在东暖阁居住了两天，第三天回到养心殿。正宫皇后的阿鲁特氏，其实也是很不自由的。两宫皇太后尚在，她这个做儿媳妇的要伺候两个婆婆，每天都要到太后处去请安、侍膳，以尽孝道。慈禧由于属相的矛盾，比较厌恶这位新皇后。相反慈安对她疼爱有加。

幸运的是，皇帝载淳对阿鲁特氏比较关心，夫妻感情很好。宫中闲暇时皇帝载淳常以唐诗考她，背诵如流。皇帝喜欢她，她敬重他，两人相亲相爱，相敬如宾。按人之常情，慈禧见自己的亲儿子和媳妇感情好，应该高兴，可她却恰恰相反，格外不高兴。于是便对皇帝的私生活横加干预，她不让他们同房。小皇帝倒也有几分脾气，一个人去乾清宫居住。随即和自己的母亲闹起了矛盾。这事更让慈禧恨透了，认为载淳不听自己的话完全是阿鲁特氏挑唆的。这给皇后带来了更大的厄运。

载淳独居乾清宫，开始还可坚持，但载淳正值青年血气方刚，又刚新婚不久，时间一长，就有些心猿意马了。在奸滑的太监和载澄的唆使下，他偷偷化妆出宫，一起去烟花柳巷寻花问柳。这样过了一两年，身染重病。慈禧太后在亲生儿皇帝得了不治之病后，首先传旨把同治迁到养心殿东暖阁，便于监视。阿鲁特氏皇后住在养心殿西侧的体顺堂，如要夫妻相会，晨昏省视，都要事先向首领太监禀明，才能进入暖阁面见皇帝。

慈禧与皇后，婆媳之间早有不和，如今矛盾更加尖锐。十二月初四午后，皇后阿鲁特氏到养心殿东暖阁探视皇帝病情，当时正好皇帝神志清醒，载淳见她愁眉锁目泪痕宛在，不免关切，便问缘由，阿鲁特氏一时忍耐不住，就把又受慈禧太后指责的经过，哭着告诉了载淳。这时监视的太监偷偷找慈禧禀报，慈禧急来东暖阁，悄悄立在帷幔之后窃听。

此时皇帝毫无察觉，皇帝安慰阿鲁特氏：“你暂且忍耐，待朕病好之后，总有出头的日子，”慈禧太后听到此处按捺不住心头的怒火，据说她当时的态度非常粗暴，与民间恶婆婆的行径无异，掀幕直入，亲自打了皇后，皇后统摄六宫，为了维护自己的尊严，立刻庄严地进行抗议，正色说道：“你不能打我，我是从大清门进来的。”此话不说还好，一说烧起了慈禧太后一生的恨事，正是不能正位中宫。阿鲁特氏的抗议正触犯了她的大忌，慈禧索性一不做、二不休，厉声喝令：“传杖！”。“传杖”是命内务府行杖，这只是对付犯了重大过失的太监、宫女的办法，今日竟施于皇后！载淳听了大惊，顿时昏厥，这一来才免了皇后的一顿刑罚。而同治皇帝则就此病势突变，终于第二天不治身亡。

亲自为载淳治病的御医李德立之曾孙李镇先生这样说：“曾祖李德立就是给同治看病的御医。五十年以前，我的祖父在世时，我为此疑案当面问过他，他是德立公之长子，关于曾祖为同治看病的亲身经历和慈禧懿旨“屏斥治罪”的内幕，曾祖因了解内情，差一点被慈禧通令自尽。因这是与家族命运休成相关的大事，印象极为深刻。他说：“同治确是死于梅毒，并将真相告我。我们认为李镇之说更符合事实，同治皇帝当是死于梅毒，并非天花。而且他的死是与慈禧太后同皇后的矛盾激化直接相关，传说是有事实根据的。

同治皇帝死了，他活着的时候，慈禧那样恶狠狠地对阿鲁特氏，那么往后，她的日子又将怎么过呢？皇帝载淳身死，庙号定为“穆宗”，尊谥用“毅”字。穆宗皇帝的称号定了，穆宗皇后亦须有一封号；慈禧太后在内阁拟呈的字样中，圈定“嘉顺”二字。这无疑是给阿鲁特氏的一个警告，意思是顺从始可嘉，即使是逆来也要顺受。

同治皇帝死后，定策迎取嗣皇帝进宫是头等大事。太后理当参与，但这等大事慈禧太后却根本不许阿鲁特氏参与。选嗣皇帝，慈禧太后不选“溥”字辈的近支王子为同治皇帝立嗣，偏偏选中了年仅四岁的载淳堂弟人。也是自己的亲外甥载湉为帝，其用心不言而喻，首先为了防止皇后仿效她扮演垂帘听政的把戏，其次能使自己可以继续以皇太后的身份合法地掌握大权。可谓老谋深算、用心良苦，年轻的阿鲁特氏绝对不是她的对手。

此后，阿鲁特氏以泪洗面，度日如年，过了不长时间，在光绪元年二月二十日半夜三更时分便香消玉殒了。距离皇帝死日仅差两个半月。在不到一百天内，年轻的皇帝皇后先后去世，这在历史上是极为罕见的。

阿鲁特氏死时仅二十二岁。她活着时，慈禧太后对她百般挑剔折磨，死后的丧仪却颇隆重。当天即发出了一道上谕、一道懿旨。派礼亲王世铎领头办理，又加派恭亲王奕诉主持，大操办了一番。阿鲁特氏死后，慈禧太后的怒气并未全消，转而发泄到皇后父亲崇绮身上，革掉了他吏部侍郎的职务。

由于崇绮全不记女儿被慈禧太后逼死之仇，竟还一味巴结、效忠慈禧太后，故而被起用。先任镶黄旗汉军副都统，１８７８年奉命查办吉林政务，署吉林将军。次年又任热河都统，１８８１年升任盛京将军，１８８４年调任户部尚书，可谓飞黄腾达，平步青云。后他曾与徐桐等一起主张废光绪帝，因此更得慈禧太后宠信。１９００年八国联军人侵北京，他又任留京办大臣，随即退走保定自缢而死。