八年抗战中，西南联大能够团结发展，梅贻琦可谓功不可没，提倡民主作风的梅贻琦喜欢说“吾从众”。在处理很多具体的问题，梅贻琦非常注重调解三校的关系，比如解决老师的生活困难问题，工学院的清华老师组织了清华服务社，开展生产和勘查的业务，并且把赚来的收益补助给清华北大南开的困难师生，很多西南联大的老师在回忆那段艰难岁月时，都对三校的合作精神大为赞美，郑天挺先生曾说：西南联大的八年时间里，最值得珍贵的就是师生之间团结友爱的感情，不只是老师和老师之间，学生和学生之间，学校和学校之间也都是如此。

梅贻琦认为老师的职责不在于教导学生读书，教学生如何做学问，而在于教学生如何做人，在这种思想的指引之下，西南联大也诞生了很多令人称道的学者，在抗战的艰难时期，社会动荡不安，但是梅贻琦和西南联大的教师们仍然坚持不懈，在危难时刻表现出中国知识分子的气节和爱国之情。

值得一提的是，梅贻琦爱学生，保护学生是他身上最显著的标签之一，傅任敢先生在文章《值得我们学习》中曾这样评价梅贻琦：做领袖的通常有两种人，一种能够让人慑服，一种能够让悦服，梅校长毫无疑问是第二种，作为教育工作者，理应让人悦服，因为教育的出发点就是爱。梅校长的品性中就具有这一点，他爱国家，爱清华，爱学校，爱他的学生，因此他把他的一生都奉献给了学校，他曾经把他的儿子亲自送到战场，他也曾用自己的全部力量去保护自己的学生……

1935年，日本侵略者占领了东北，华北整个中国陷入一片恐慌中，当时清华的爱国学生发出呼吁，华北已经无法再安置一张平静的课桌了！清华学生开始自发组织各种抗日爱国运动，结果却遭到了军警的镇压。一次，军警到清华校园抓学生，学生们同警察发生了激烈的冲突，在场的老师们没有任何主意，于是有人把目光投向了梅贻琦校长，意思是问我们该怎么办？平时很少说话的梅贻琦仍然没有说话，直到国民党向梅贻琦索要学生的名单，想要按照名单抓人时，梅贻琦终于开口说：你要名单，好，我这里有一份，学生和老师都不理解梅贻琦的行为，不相信校长会出卖自己的学生，等到军警开始按照名单抓人时，大家才发现军警一个学生也没有抓走，这是怎么回事呢？原来梅贻琦只是把前一年的学生名单交给了军警。

实际上梅贻琦非常理解也非常同情学生们的爱国感情，他碍于校长的身份不能参与，但是他一直在极力保护着他的校园和学生，学生游行回来后，梅贻琦总是派人开车把学生接回来，对于当局逮捕开除学生，他也总是想方设法的加以保护，或者通知可能要被逮捕的学生立即离开学校。一次，为了保护一个学生脱险，他甚至把那名学生藏在自己的汽车里想要偷运出去，而同学们也非常理解和体谅梅校长的苦心，每次发生学生运动，学生们害怕影响到梅校长，总是会贴出拥护梅校长的大幅标语。

1945年日本无条件投降，梅贻琦在西南联大的使命也顺利的完成了，最后三所学校师生先后北上返校，而清华更是在梅贻琦的带领下第一个开学，并很快走上了正轨，迅速进入新的发展阶段中。

可以说，抗战烽火中的西南联大之所以能够傲然伫立，就是内部和外部共同努力的结果，外部取决于民主治校，学术自由的教育政策，而内在条件就是校长、老师，学生的全体努力，这一切都和梅贻琦不可分隔，在战火频频，半壁沦陷的艰难环境中，梅贻琦保存了中国教育的元气，用自己的精神力量鼓舞和带动着学生们不断前行，在中国现代史上最为艰难的风雨岁月中，西南联大仍然能够取得傲人的成就，正是中国现代教育历史上的奇迹。