自汉代起，新疆各地就已经设立各级行政机构，公元前60年，西汉设立西域都护府，新疆正式成为我国领土。唐代设立安西都护府，此后虽然历经晚唐和五代十国的疏离，元朝设立别失八里行省，明朝则设立了哈密卫，新疆一直都是我国不可分割的一部分。

清军入关后，前几代帝王都热衷于开疆拓土。公元1759年，清军平定准格尔叛乱，这块160万平方公里的土地再次回到祖国的怀抱。乾隆帝将其命名为“新疆”，取的是“旧土新归”的意思。

在康乾盛世之后，清朝走向衰败，内地对新疆的支持完全终止，不只如此，为了筹措经费，清廷驻新疆机构与当地贵族势力勾结，残酷剥削当地人民。不堪重负的新疆人民在1864年发动了“库车起义”。由于边防空虚，驻新疆的清军人数仅有一万五千人，到1866年，清廷在新疆的统治基本被推翻，清军退守哈密塔城等地。

虽然清廷的统治被推翻了，但是新疆各地的贵族势力依然存在着，为了争权夺利，这些贵族之间又爆发了大大小小的混战。在整个新疆一片混乱的时候，一个叫做穆罕默德.雅霍甫趁机占领了整个南疆，这个人在我国历史书上被称为阿古柏。截至1867年，阿古柏基本消灭了天山以南的割据势力，建立了“哲德沙尔汗国”，开始了他在新疆长达十年的统治。到1870年，乌鲁木齐和和吐鲁番也被阿古柏征服。由于建立政权完全依靠军队势力，因此阿古柏在新疆实行采邑制度，任凭手下兵将对自己封地的人民进行剥削，各种苛捐杂税多如牛毛，新疆人民再度陷入水深火热。

而清廷在攻克天京，平定了太平天国运动之后，开始缓慢恢复元气。洋务运动也在此时兴起，史称“同治中兴”。但此时的朝堂之上却陷入了“海防”和“塞防”的争论之中，李鸿章认为西北不过是肢体之患，海防才是心腹大患。然而1871年，俄军强占伊犁，阿古柏向俄国投诚。左宗棠认为如若再不采取措施，则甘肃蒙古堪忧，京师也将受到威胁。经过左宗棠的争取，清廷终于下定决心，任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务。

为筹集军饷，左宗棠通过胡雪岩向汇丰银行借款1595万两白银，利息高达10%，保障了西征军的粮饷装备。1876年，左宗棠率军七万人出征，通过“先北后南，缓进急击”的策略，仅用半月时间就击溃了阿古柏苦心经营的天山防线。1877年，阿古柏暴毙于逃窜途中，面对英俄的威胁，左宗棠不为所动，坚持进军扫荡，12月英吉沙光复，次年和阗光复，阿古柏的势力终于从新疆彻底清除，新疆回到祖国怀抱。

这场战争，被英国人称赞为：“自乾隆时代以来，由中国人领导的中国军队取得的最辉煌的成就。”