清军在东南战线上的频频得胜，吴三桂的暴死，都使得吴军内部人心更加浮动，从而为清军提供了反攻决战的大好时机。康照帝抓住时机，急令各路讨叛大军分道出击,展开了大规模的反攻。

在湖南方面:湖南清军喇布部进军衡州，安远靖寇大将军贝勒察尼也率大军猛攻岳州，并以水师乌船百艘、沙船近五百艘作为配合。清军几次出击败吴军吴应麒部，并招降了吴军总兵陈华、李超。康熙十八年(1679年)正月，清军乘势攻克岳州，吴军陈珀等又降清。荆州清军大举进攻常德、长沙吴氏守兵纷纷弃城而逃。清军占据长沙,肃清了湖南境内的叛军。为了瓦解叛军康熙帝下令，宽大处理叛乱的协从者，若能及早归降，还可以立功，这就使叛军的士气更加低落了。只有极少数顽固分子，仍主张北进，与清军决雌雄。但是多数叛军已为惊弓之鸟，不愿意再去送死。吴世璠只好率领残兵败将退守云贵老巢，作最后的挣扎。

据说，当年吴三桂曾用衡州(今湖南衡阳)岳神庙中的小灵龟来占卜自己的命运。结果小灵龟在地图上爬来爬去，向北终究未能越过长沙、常德一线,最后还是返回了南方。吴三桂不满意，又连试几次，都是如此。他和部下面面相觑，大惊失色，而现在吴世璠也恰好退守云贵。传说是不可信的，但吴氏集团此时也的确是死期不远了。

在广西方面:傅弘烈迎接清军进人广东后,声称“广西全省便可一面当之”。清朝任命他为抚蛮将军广西巡抚，募兵作战。他先后收复浔州、梧州等地，屡立战功，又准备进军云贵，请求清兵援助。清朝将军莽依图等畏缩不前，退兵梧州、德庆，傅弘烈孤军据守梧州。康熙十八年(1679年)正月，清廷命令莽依图与尚之信率军水陆并进，配合傅弘烈，大败吴世琮部，攻克桂林、南宁，收复广西。次年二月，马承荫又在柳州反叛，诱杀傅弘烈。六月，马承荫降清，被解送京师处死。广西全境终于被清军收复了。

在四川方面:康熙十八年( 1679年) ,康熙帝令甘肃提督张勇、平凉提督王进宝，配合陕西提督赵良栋，率大军进驻四川平叛。王进宝攻占汉中，又攻克保宁，吴军大将王屏藩自杀。赵良栋乘胜收复成都，吴军将军以下官员百余人投降，赵良栋接着又在建昌大败胡国柱。图海攻取兴安,湖广提督徐治都在巫山大败杨来嘉，并攻占夔州重庆，清军又夺回了四川。

在云贵方面:云费是吴三桂军的基地，清军夺取了湖南、广西、四川以后，就由此三路围追叛军。其中，贝子彰泰代替安亲王岳乐统率大军进攻云贵，总怪蔡毓荣率领绿旗兵先从沅州出发,作为先头部队;王进宝留守四川;赵良栋为勇略将军兼云贵总督，从四川进军，贵塔由广西进军。大军纷纷向云南集中，并于联照二十年(1681年)二月攻至昆明近郊。康照帝同时颁布诏书，下诏逮捕、审讯尚之信。次年国八月，尚之信被赐死，之后又被焚尸扬灰,他的全部财产被充作军饷。耿精忠降清后，部属徐鸿弼告发他谋逆，清重臣杰书也请求斩耿精忠。康熙帝认为，各地官兵正在受抚招降，不宜将他立即正法，应让他自请人京，缓一一步处置。康熙十九年(1680年)三月,耿精忠上疏请求人京。来到京城之后，耿精忠还是很乐观的，怎么说也是自己主动投降嘛，要不要给个面子，留条活路，但是他有点过于乐观了，以为自己的坦白从宽可以免死，但是他忘了自己面对的是康熙帝，一个年纪轻轻就可以平定三藩之乱的年轻帝王，怎么可能留下这么大的个祸患，所以耿精忠就和他的小伙伴们一起脑袋搬家了，而他们的家人们也好不到哪儿去，灭族了，头像的部下也被打乱了编制收编进清军。

从最开始吴三桂同志造反开始，到现在已经历时八年，八年时间，清廷在康熙帝的指挥之下，终于平定了三藩之乱，虽然国力损耗严重，但是也整个是因为如此才确立了康熙帝的绝对统治地位，中央集权高度集中。三藩之乱的胜利，不仅仅是康熙帝的指挥，到后期更多的是依仗叛乱军内部的矛盾和百姓的意愿，虽然清廷至于广大的汉人来说是外族，但是令人们更接受不了的是国家分裂，所以，这种思想就直接影响了后期的战局。同样的，在这场旷日持久的战争中，康熙帝以坚强的意志和杰出的军事才能，领导和指挥了平叛战争的全过程。

平叛战争虽然获得了胜利,但却付出了巨大的代价。清朝丧失了莫洛以下将领多人，调动的军队仅绿旗兵就有40万众。各地区连年战乱，民不聊生，也给清王朝造成了沉重的负担。康熙帝并不讳言这场平叛战争的艰难。他说，战争“劳师动众，兵民劳苦已极”，甚至认为平叛的胜利实在出于侥幸，且对当年仓促撒藩犹存有悔意。但是，这场战乱，也使清朝经受了严峻的考验。而康熙帝刚坐上龙椅就碰上这么大的战争，对他而言也是很大的一个考验，稍有不慎，清廷就倒闭了，但是康熙的雄才大略让他最终赢得了这场战争，奠定了清廷的统治，以至于以后在没有藩王叛乱，不仅如此，对内，康熙帝的战绩让他威望倍增，老臣们再也不敢看不起这个小孩子。所以，此次三藩之乱可谓成就了康熙帝。

康熙帝在平定叛乱后，曾回顾历史，很有感触的写下了《滇平》一诗:

洱海昆池道路难，捷书夜半到长安。未矜干羽三苗格，乍喜征输六诏宽。天未运牧金马隘，军中新解铁衣寒。回思几载焦劳意，此日方同万国欢。

这首诗，写尽了战争的艰难，当然，也不乏康熙帝的喜悦心情在其中，从我们现在的视角来评价康熙帝和三藩之乱，战争的对与错且先放下，就三藩之乱对于康熙帝而言，三藩之乱的产生固然威胁了清廷的统治，但是平定了这场叛乱所带来的效益更大。在此之后，康熙帝也并没有太过乐观，反而更加小心翼翼地处理政事。开创了我国封建历史上又一个盛世局面——康乾盛世。