新疆地处中国西北边陲，亚欧大陆腹地，自古以来就是中国不可分割的一部分。是古丝绸之路的重要通道。新疆最原始的称呼是柱州，古称西域，意为中国的西部疆域。清统一其地，其北部称回部、南部称准部，合称回疆，设伊犁将军。公元前138年，汉武帝派张骞出使西域，西汉政权与西域各城邦建立了联系。公元前60年，西汉政权在乌垒（今轮台县境内）设立西域都护府，自此西域正式列入汉朝版图。光绪十年（1884年），清政府正式在新疆设省，并取“故土新归”之意，改称西域为“新疆”。省会迪化（今乌鲁木齐市）。1949年新疆和平解放，1955年10月1日成立新疆维吾尔自治区，首府设在乌鲁木齐（蒙古语意为优美的牧场）。

新疆各地同中原地区交往联系的历史源远流长。中国先秦（前221以前）古籍，诸如《尚书》、《竹书纪年》、《山海经》、《楚辞》中都有关于古代新疆地理、山川、河流的记载，它从一个侧面反映了当时中原人对于新疆的认识和了解。汉人，是较早进入新疆地区的民族之一。西汉王朝征服西域是从讨伐匈奴开始的。匈奴是秦汉之际在中国北方草原地区活动的一个实力强盛的游牧民族，初弱，后强盛。汉朝对北方地区，包括西域的统一管辖，结束了该地区长期以来诸游牧部落不相统属的分割局面，为后来全国性的统一局面形成创造了条件。

魏晋南北朝（公元220年—公元589年）时期，是中国民族大融合时期，各民族迁徙往来频繁，又有许多古代民族进入新疆，如柔然、高车、哒、吐谷（音：玉）浑等。

隋唐时期（公元581年—公元906年），中央政府加强对新疆的统治。突厥、吐蕃等古代民族对新疆历史进程产生了重要影响。突厥是公元六世纪到八世纪活跃于中国西北和北方草原的古代游牧民族。公元552年突厥首领土门打败柔然，以漠北（蒙古高原大沙漠以北地区）为中心建立了西至咸海、东抵大兴安岭、横亘中亚的突厥汗国，统一了西域。583年突厥分裂为东西二部，为争夺汗权争斗不休，新疆属西突厥。

公元640年，唐朝发兵攻下了高昌城，于该地置西州，又于可汗浮图城（今吉木萨尔）设庭州；同年在高昌设安西都护府，后迁至库车，改置为安西大都护府。统安西四镇：龟兹、疏勒、于阗、碎叶（今吉尔吉斯斯坦的托克马克市），辖境相当今新疆及哈萨克东部、吉尔吉斯北部楚河流域。显庆、龙朔年间（661-663年），唐军平定西突厥，统一了西域各地，公元702年，唐朝又在北庭（现吉木萨尔）设立了北庭都护府，管辖天山以北地区。

公元840年，大批回鹘人进入新疆。回鹘，原称回纥，是铁勒（中国古族名）诸部之一。最初活动于色楞格河和鄂尔浑河流域，后迁居土拉河北。公元744年，发展壮大了的回鹘于漠北建立政权，并两次出兵帮助唐朝中央政权平息“安史之乱”。公元840年，回鹘汗国因自然灾害侵袭其中一支迁往今吉木萨尔和吐鲁番地区，后建立高昌回鹘王国；还有一支迁往中亚草原，分布在中亚至喀什一带，与葛逻禄、样磨等民族一起建立了喀喇汗王朝。自此，塔里木盆地周围地区受高昌回鹘王国和喀喇汗王朝统治，当地的居民和西迁后的回鹘互相融合，这就为后来维吾尔族的形成奠定了基础。

九世纪末十世纪初，伊斯兰教经中亚传入新疆南部地区。十世纪中叶，信仰伊斯兰教的喀喇汗王朝发动了对于阗佛教王国历时四十余年的宗教战争，于十一世纪初灭亡于阗，把伊斯兰教推行到和阗地区。十四世纪中叶起，在察合台汗国（的强制推行下，伊斯兰教逐渐成为察合台汗国的蒙古人、维吾尔人、哈萨克人、柯尔克孜人、塔吉克人等信仰的主要宗教。十六世纪初，伊斯兰教最终取代佛教成为新疆的主要宗教。

18世纪初，准葛尔贵族乘机作乱，乾隆皇帝于1755年派出平叛大军，最后彻底消灭了准葛尔汗国，统一了西域。乾隆帝把这片土地命名为“新疆”，取因“故土新归”之意。

准葛尔平定后，穆斯林教派的头面人物伊敏和依沙克，史称“大小和卓”于1757年又在库车成立了“巴图尔汗国”公开与清政府抗衡，分裂中国。1760年清政府派兵直捣大小和卓的大本营叶尔羌和喀什噶尔，再次平定了这次叛乱，统一新疆。从此完全确立了清朝对新疆的稳固统治，回部之前在准噶尔暴力统治之下。而准噶尔部被灭族也直接导致新疆及中亚部分完全伊斯兰化。

1878年清政府终于收复了除伊犁地区以外沙俄侵占的全部新疆领土。为了使新疆达到长治久安的目的，在左宗堂的积极倡导下，新疆于光绪十年（1884年），清政府发布新疆建省上谕，正式建省，刘锦棠被任命为首任新疆巡抚。实行与中国本部18省一样的行政制度，由巡抚统管全疆各项军政事务，省会也由伊犁迁至乌鲁木齐迪化城，全疆分为四道（镇迪道、阿克苏道、喀什噶尔道、伊塔道）道以下设6府、10厅、3州、21个县，2个分县。伊犁将军不再总统全疆军政事务之责，驻军制度与内地各省基本一致。新疆行政建置与内地完全一致。

新疆建省，是清朝政府对历朝各代治理新疆的一次重大改革。以迪化为省会。从此迪化成为新疆的政治中心。翌年，升迪化直隶州为迪化府，增设迪化县为附郭首县。因“迪化”为“启迪教化”之意，有大民族主义色彩，1953年根据政务院关于更改具有歧视少数民族含义的地名的决定，恢复旧名，改为乌鲁木齐市。