十九世纪中后期，清廷的统治者们忙得焦头烂额。在外，有帝国主义列强虎视眈眈；在内有声势浩大的太平军迅速扩散。多方博弈之下，清政府最终与外国侵略者互相勾结起来，残酷镇压太平军。于是，1851年之后的十多年间，清廷的头号敌人就是不断发展的太平军。

一个要反抗，一个要镇压。太平军与清军交战频繁，大肆杀戮，手段残忍，而且交战地多发生在人口稠密的江南地区，涉及省份达17个之多，导致人口大量损伤。据清朝《户部清册》载，从1851年到1864年中国人口锐减40%，绝对损失数量达1.6亿。当然，这个数字是有争议的，但也大抵反映实情。

清军与太平军交战，伤害最大的无疑是普通民众。更为残忍的是，无乱是清军，还是太平军，在战争中总喜欢屠城，滥杀无辜平民自是不在话下。

清军在打压太平军的过程中极爱屠城，其中尤以湘军为罪。湘军的屠城记载主要有三次，分别是九江城屠二万、安庆屠四万人、南京屠五十万人，场面惨不忍睹。为此，谭嗣同极为愤概地说“:湘军以戮民为义，（城邑）一经湘军之所谓克复，借搜缉捕匪为名，无良秀皆膏之于锋刃，乘势淫掳焚掠，无所不至，卷东南数省之精髓，悉数入于湘军，或至逾三四十年，无能恢复其元气……”

太平军也有过屠城的记载。全州被攻破时，冯云山战死，一心想要报仇的杨秀清下达了屠城的命令，屠城持续三日，被杀者数万人；太平军北伐时，沧州遭遇屠城，万余百姓被杀害。此外，在个人笔记中也有太平军屠杀乡民的记载。

屠城，对于清军而言，主要是消灭太平军中坚力量；而对于太平军而言，却有战略突进的需要。无论出于何种目的，夹在中间的老百姓无疑是最大的受害者。

一般的说法是，清军与民众的矛盾更为激烈，民众拥护太平军，敌视清军。很多史料中都有“民贼合一”、“民不恨贼而恨兵”的记载。就连曾国藩自己都说，岳州以下直至金陵数千里，民蓄发纳贡，习为固然，如果官军稍加强迫，则即刻转而为贼。可见，民众对于清军是不怎么友好的，至于清军后来屠城，则更加重清军与民众的矛盾。

当然，对于太平军，民众的态度也暧昧不明。鲁迅先生在《且介亭杂文·病后杂谈之余》说，他家曾雇佣过一个保姆，保姆经历过太平天国。当时，保姆最害怕的东西有三样，分别是“长毛”，“短毛”，“花绿头”。“长毛”就是太平军，“短毛”指剃发的清朝官兵，而“花绿头”则是英法组织的洋枪队士兵。在老百姓看来，太平军、清军没有正邪之分，都是令人后怕的。