毛文龙是抵抗后金的英雄，其苦心经营孤悬海外东江镇多年，可以直接威胁后金大后方。等于在海上为明朝建立了一道坚固的防线，在毛文龙有生之年，后金一直不敢对明朝大肆出兵，明朝天启年间的宁远大捷，城防战打了五天，努尔哈赤就匆匆撤军，直接原因便是毛文龙出兵，直接威胁到后金大本营辽阳。但是在崇祯二年，袁崇焕持尚方宝剑，矫诏斩杀毛文龙，在袁崇焕斩杀毛文龙之后五个月，即发生“己巳之变”，后金军采取迂回战术，差点拿下了北京城。不得不说，袁崇焕斩杀毛文龙对明朝的影响是巨大的。

可是作为方面军统帅的袁崇焕不可能看不到毛文龙在东江镇战略意义，何以冒着矫诏的罪名诛杀毛文龙？根据史料分析，可能有几个原因：一，天聪元年二月，后金“和硕贝勒”阿敏率军出征攻打朝鲜，同时攻打毛文龙，东江镇一时之间承担巨大军事压力，期间毛文龙曾经上书让当时的辽东巡抚袁崇焕出兵攻打后金大本营。但是袁崇焕拒绝出兵，并且当时袁崇焕正在和后金考虑议和。因袁崇焕拒绝出兵，而毛文龙坚守不住，败走皮岛，对于袁崇焕的拒不出兵，毛文龙心里肯定不是滋味。数月后，在严重打击了毛文龙和朝鲜之后，皇太极率军攻打宁远和锦州，主动找上门来了，这次打了将近一个月，明军损失惨重，而袁崇焕又怪罪毛文龙镇守江东不利导致后金军威胁宁锦，从此两人心存芥蒂。二，崇祯元年四月，崇祯任命袁崇焕兵部尚书兼右副都御史，督师蓟﹑辽，兼督登﹑莱﹑天津军务。袁崇焕这时经略整个辽东。而毛文龙孤悬海外、武装割据多年，身上打游击的习气太重。加上之前袁崇焕不出兵救援导致毛文龙的损失巨大，毛对袁崇焕心里不服，当然也不会服从其管理。但是袁崇焕可不吃这一套。当时的袁督师手下有祖大寿，赵率教，何可纲等一干猛人，全都服服帖帖，袁崇焕确实没有把毛文龙当盘菜，并且自作主张，断了毛文龙的补给。崇祯二年，又以巡视之名突然在双岛列出十二个罪状，斩了毛文龙。

从现在能看到的资料上分析，毛文龙抵抗后金的意志是坚决的，其建立的江东防线对明朝作用是巨大的，毛文龙的存在，牵制着后金的军队不敢把进攻的战线拉得太长太深。毛文龙死后，后金的心腹大患解除，可以肆无忌惮的侵向大明腹地。在袁崇焕斩杀毛文龙五个月后，后金军取道蒙古绕开山海关，攻破遵化，蓟州，不久即兵临北京城下，发生了震动朝野己巳之变，经过艰苦卓绝的北京保卫战后金军撤退，但袁崇焕被崇祯皇帝逮捕下狱，八个月后被凌迟处死。

袁崇焕决心斩毛文龙应该是低估了毛文龙在东江以及皮岛的威望，袁崇焕以为东江局势换个人也一样，可惜的是千军易得，一将难求，毛文龙死后，没有人能够团结剩下的军队，很多人甚至投降了后金，这是袁崇焕始料不及的。毛文龙其实对他没有妨碍，哪怕不能相互协作，只要有个人摆在那里就是战略支撑，但他以为自已拿着把尚方剑别人就得听他的，最后不仅影响了大明帝国，也对自已造成了巨大的伤害。再说，他停止对毛文龙部的补给，擅杀毛文龙，解除后金的后顾之忧，很难让人觉得他是一心一意为了大明王朝。不过，他的民族英雄的历史定位也不能否定，毕竟也做出过巨大贡献，只是他的刚愎自用毁了自己，毁了大明王朝。崇祯杀他，也不是没有道理。至于说袁崇焕死于后金的反间计，这个也只是说辞而已，如果袁崇焕自己没有做那些让人不得不怀疑的事，反间计也无济于事。