1860年之后的太平军就比较惨了，他们被清军打得节节败退，不过当时太平军还取得了一次大捷，太平军在1860年的时候，将清军的江南大营攻克了，这让当时的洪秀全非常高兴。当时出任两江总督的清军将领叫何桂清，他驻扎在常州，就在太平天国进攻常州的时候，何桂清想弃城出逃。

毕竟是大清的封疆大吏，不能够随随便便的出逃，于是在太平军攻克丹阳后，何桂清将布政使和总理粮台等人叫来了，这些人也都是逃跑派，他们都建议何桂清逃跑，于是何桂清将苏州军事事务交给钦差和春，自己说是要筹备粮草，于是出逃了。

其实，何桂清此举是骗不过百姓的，百姓都认为何桂清是借着筹备粮草的名义出逃，于是常州城内的很多百姓前来劝阻何桂清留下，可是何桂清不听，还让侍卫打死了几位百姓，对何桂清此举，江苏巡抚直接弹劾何桂清弃城弃军。何桂清也知道自己罪孽深重，于是逃到了法国人的租界内。

在失去总督的情况下，常州最后被太平天国攻克了，何桂清将烂摊子交给和春，和春不辱使命，最后战死，而且很多将军也都牺牲在了这场战争中，此战，咸丰皇帝怒了，他当时就下令将何桂清总督官职罢黜，一定要追究他的责任。然而，就在此时，第二次鸦片战争爆发了，英法攻入北京，咸丰也出逃了，所以处理何桂清的事情一直被搁置了两年。

英法撤出北京的时候，清朝开始重新审理何桂清一案。对于何桂清这个案件，清政府各大官员是有争议的，刑部直接给出的处罚是斩立决，然而，恭亲王和吏部给出的建议是，对何桂清的处罚应该慎重，没必要将他杀死，毕竟何桂清是一品大员。

总之，这个案件争议非常大，事情弄到慈禧太后那里，慈禧太后也不知道怎么办，毕竟在非常时期斩杀封疆大吏不利于稳固人心，而且清廷还有非常重要的一方面考虑，那就是何桂清的势力，能够对曾国藩的湘军进行制衡，这就让清廷杀何桂清更加谨慎了。

就在这时候，曾国藩出来说话了，他先对朝廷说明了总督对朝廷的重要性，总督身上有大权力，而且很多人都逢迎，军民是不敢违背他的意思的。此话的意思是，何桂清作为一个地方大臣，却不知道报效国家，遇事就跑，他是对不起朝廷给他的权力的。

之后，曾国藩对何桂清出逃这件事情又说了一番话。当时是很多臣僚建议何桂清出逃的，对此曾国藩说，封建大吏守城是大节，不能因为一个臣僚的进言就终止这种大节，这句话的意思也就是说，何桂清作为两江总督，无论是守城还是弃城，他自己早有定论，出逃不是取决于臣僚的建议，而是他何桂清的决定。

曾国藩的这些话，直接要了何桂清的命，何桂清最后被执行了死刑，史书对他的评价有一句是这样说的：“身名俱陨，罪实难辞。”其实，曾国藩说的话非常隐晦，但是这些话中都带着对何桂清的杀意，曾国藩之所以对何桂清起杀心，其实两人也是有私仇的。