乌兹别克汗国复国以后，昔班家族从1500年到1599年的整个16世纪一直统治着河中地区。撒麻耳干是汗国的正式都城，昔班王朝尽管在语言和文化方面已经完全突厥化，但是在种族上是蒙古人，可以说该王朝已陷入几乎与帖木儿朝人曾经历过的那种大分裂局面。然而，与帖木儿朝人不同的是，在面对共同的敌人时该王朝能够保持最低限度的团结。

在昔班尼的叔叔速云赤的统治下（1510-1530年在位），乌兹别克人从波斯人手中夺取了包括麦什德和阿斯特拉巴德在内的呼罗珊部分地区（1525-1528年）。波斯沙赫塔马斯普于1528年9月26日在麦什德和赫拉特之间的土尔巴特·杰姆附近打败了乌兹别克人，这一胜利又夺回这一地区。

帖木儿后裔巴布尔从1526年起成了印度皇帝，他想利用乌兹别克人的这次失败，从他们手中重新夺回河中地区。他的儿子胡马云与波斯沙赫塔马斯普联盟，占领了阿姆河北岸的希萨尔，但是，当塔马斯普离开战地前往西方与奥斯曼人作战时（1529年），胡马云不得不撤离希萨尔。速云赤在他去世那年（1529－1530年）已经把波斯人和帖木儿人赶到了阿姆河以南。昔班尼的侄儿奥贝都刺汗（1533-1539年在位）曾和速云赤成功地抵抗了波斯沙赫伊斯迈尔二世的入侵。

继昔班尼之后，昔班尼家族成员中最杰出者阿布德·阿拉赫二世重新统一了已经在他的亲属中分配了的家族领土。因此，他分别于1557年、1578年和1582年逐渐统治了不花刺、撒麻耳干和塔什干。他在1560年至1583年间以其父伊斯坎德尔的名义实施统治之后，在1583至1598年才以他自己的名义进行统治。为使河中免受吉尔吉斯-哈萨克人的入侵，他于1582年春发动了一次深入小帐草原的战役，一直远达萨雷河和图尔盖河之间的兀鲁塔山区。

他还远征喀什噶尔，在途中，他蹂躏了喀什和叶儿羌城周围的地区。最后，他从波斯人手中夺取了包括赫拉特和麦什德城在内的呼罗珊地区，赫拉特是在持续九个月的围攻之后投降的，麦什德城是十叶派穆斯林的圣城，年轻的沙赫阿拔斯未能保住它，乌兹别克人像虔城的逊尼派一样，毫无疏漏地劫掠了该城，屠杀了部分城民。同样，阿布德·阿拉赫二世从波斯人手中夺取了尼沙普尔、撒卜兹瓦儿、亦思法拉因和特伯斯，简言之，夺取了呼罗珊境内从赫拉特到阿斯特拉巴德之间的全部要塞。至于巴里黑，早在1582年就已经成为阿布德·阿拉赫之子阿布德·穆明的总督区。

阿布德·阿拉赫二世晚年很不走运。波斯王沙赫阿拔斯一世于1597年在赫拉特附近赢得了对乌兹别克人的一次巨大胜利，以此而解放了呼罗珊。阿布德·阿拉赫之子穆明起义反叛父亲，吉尔吉斯人趁此机会掠夺塔什干地区。在目睹了毕生的成就被摧毁之后，阿布德·阿拉赫于1598年初去世。穆明继位，不到六个月就被暗杀了。昔班王朝至此结束。

昔班王朝在河中的统治还不到一个世纪，在此期间，它成功地重建了成吉思汗国对不花刺和撒麻耳干的统治。然而，每次（首先是昔班尼，其次是阿布德·阿拉赫二世的统治之下）当它妄想占有伊朗人的呼罗珊地区时，都被波斯沙赫击溃。在帝国逐渐定形的时候，正像种族上的一致性一样，波斯注定仍是波斯人的，突厥斯坦仍是突厥人的。