在西游中，菩提祖师作为一个方外神仙，引起来无数读者的遐想。在三界之中，众神对菩提祖师的来历也在不断试探，其中最著名的一次就是真假美猴王中，如来想用六耳猕猴取代孙悟空，结果被菩提祖师阻止。最终，如来发现了菩提祖师的来历真相，可谓有得有失，有舍才有得。

菩提祖师本身作为一个集合儒释道三教神通的神仙，融汇动静流术，还有长生功法和天罡、地煞变，孙悟空仅仅学了皮毛就可以大闹天宫，如果让菩提祖师亲自出手，那么天庭中谁能匹敌？

另一方面，当孙悟空在通明殿和佐使王灵官不相上下的时候，如来一眼就识破了孙悟空的本事，说孙悟空不过会一些长生的法门，怎么敢在玉帝门前班门弄斧。这就说明了，菩提老祖还有弟子在世间闯荡，还被如来见过，甚至有可能和如来交过手，并且成功逃跑，所以如来才会认出孙悟空的功法，但是不知道孙悟空的师门。

对于玉帝和如来这些三界大佬来说，稳定压倒一切，所有不和谐的因素都会影响三界秩序。所有，如来将孙悟空压在五行山下之后，并没有斩杀孙悟空，而是将孙悟空收为己用，看看能不能套出孙悟空背后的师门。

孙悟空下山的时候，曾经被菩提祖师警告，如果说出师门所在，菩提祖师就会亲自对孙悟空出手，孙悟空因为对师尊的敬畏和感激，始终没有说出师门。

如来见孙悟空不听话，取经路上就想用六耳猕猴取代孙悟空。所有，当六耳猕猴和孙悟空打的不可开交之时，天上众神都不敢说出真相，说出哪个是真的孙悟空。

然而，紧箍咒却暴露了六耳的来历。这个东西是如来亲手交给观音菩萨的，其他神仙都没有这种神器。那么六耳头上也有紧箍咒，说明他是如来的猴。

既然六耳是如来的猴，为什么最后如来帮助孙悟空消灭了六耳猕猴呢？因为这个时候，菩提祖师出现了，菩提祖师看似对孙悟空颇为严格，但是爱之深责之切，菩提祖师赶孙悟空下山，是为了孙悟空修成真正的长生不老之术。并不是真的要和孙悟空断绝关系！

所以，当孙悟空有危机的时候，菩提祖师果断出手相助。因为菩提祖师本就是天道法则的化身，所以才能精通天下间一切术法，所有当菩提祖师用真身来到灵山的时候，如来一方面终于见识到孙悟空背后的师父，另一方面，也打消了用六耳猕猴取代孙悟空的想法。

更有甚者，为了让菩提祖师满意，如来才让孙悟空灭了六耳猕猴。众生棋子，如来已经知道自己想知道的真相，送佛送到西，如来干脆卖了菩提祖师一个大人情，让孙悟空最终也成了佛，位置比唐僧和观音都高，就是因为菩提祖师他惹不起啊。