到了元朝末年，由于局势动荡，各地民众起兵反元的事件非常频繁，福建同样也是叛乱频发。当时福建各地的豪强家族纷纷成立了乡族武装——“义兵”，并逐步控制了许多地方政权，还协助元朝政府对叛变的农民武装进行镇压。而泉州的波斯籍色目人也组织了亦思巴奚军作为他们的义兵组织，其将领为赛甫丁和阿迷里丁。由于波斯人是泉州城内人口较多、势力较强的一个族群，拥有大量的富商，因而亦思巴奚军在其支持下成为泉州最强大的武装，而波斯人借亦思巴奚军的力量逐渐掌控了泉州，使得元朝失去对泉州的实际控制权。福建的元朝统治者无力镇压农民起义，又不敢任用汉人军队和南宋投降军队或汉族地主武装，只好依靠在泉州掌握舶务与军政大权、信奉伊斯兰教的阿拉伯人、波斯人的上层分子，组织“义兵”武装，实行“戍军”制度，并调外地戍军到泉州加强防范。“义兵”的首领，也根据需要享有正式朝官的品位和权力，这与南宋末年授官蒲寿庚相同。亦思巴奚战乱的首脑赛甫丁、阿迷里丁两人，都因贸易捐官和保卫泉州港有功，在泉州被授予“义兵万户”，掌握保卫泉州港的地方武装。“万户”是武职，这些“义兵”的首领在泉州70多年，实力雄厚又熟悉情况。当元朝对他们稍有不利或统治势力下降及内部派别矛盾斗争时，便产生不满情绪，结党营私，招军买马，勾结伊斯兰教上层分子，妄图发动内乱，扩大自己的势力。这场战乱分两个阶段： 一是1357年到1361年，波斯人、义兵万户赛甫丁与同为波斯人、可能也是义兵万户的阿迷里丁，在泉州发动兵乱。战乱的第一阶段是以赛甫丁、阿迷里丁为主导的亦思巴奚军占据泉州、在兵乱期间，亦思巴奚军割据泉州并插手福建政治，一度北上占领了福州，还参与了兴化的乡族内战，引发了福建沿海的多个派别参加的大规模混战，攻占福州以及参与兴化、惠安一带宗族的内战，时间为1357年至1362年间。

1356年元政府委任原中书省参知政事普化帖木儿到福州任福建行省平章政事。普化帖木儿初来乍到，毫无根基，实权都在福建廉访佥事般若帖木儿手中。普化帖木儿不满大权旁落，四处联络般若帖木儿的反对者为自己所用。般若帖木儿在福建有很多政敌，普化帖木儿很快便与在兴化路(治所在今福建莆田)训练团练的行宣政院使三旦八、兴化路总管安童等人结成同盟。而为了能够更快打倒般若帖木儿，普化帖木儿还于1358年邀请亦思巴奚军共同攻打福州。1359年亦思巴奚军二月占领福州，扶持普化帖木儿控制了省城福州的大权。正当赛甫丁帮助普化帖木儿拿下福州之时，留守兴化的亦思巴奚军却与安童的兴化部队发生了矛盾，乃至仇杀。留守泉州的阿迷里丁1359年三月率亦思巴奚军主力北上猛攻兴化。兴化团练主力都已前往福州，无法抵挡亦思巴奚军的进攻，不到数日，兴化便被亦思巴奚军占领，阿迷里丁“纵兵杀掠,蹂瞒郡境几一月”，兴化百姓惨遭荼毒。直到将财货人口抢掠殆尽后，才率兵返回泉州。

元末的“亦思巴奚之乱”，便是蕃商的蕃长率领的商团武装所造成的动乱。不过，蕃商们侨居异国，虽然财雄势大，但与本土人相比，毕竟是少数，他们之所以能够成事，还需要本土人士的参与。而在泉州，有元一代最为显赫的本土势力，便是从宋代开始发迹，到元代达到鼎盛的蒲氏家族，元代第一官商——蒲氏家族。

二是1362年1366年，掌握泉州市舶的那兀纳勾结蒲寿庚的后代，在泉州发动第二次兵乱。在亦思巴奚军退出兴化后，兴化即陷入内战，林德隆与陈从仁两股豪族势力争斗不休。不久，林德隆被陈从仁所杀，其子出逃，向亦思巴奚军求助。为求控制兴化，亦思巴奚军帮助林家夺回兴化，逼死陈从仁。然而，此时兴化已经天下大乱，各路豪强纷纷起兵争夺政权，林家二子屡被驱逐，阿迷里丁不得不派遣亦思巴奚军主力在兴化南征北战，维持林家的统治。这么一来，泉州的守备便空虚了。

赛甫丁、阿迷里丁是蕃长，本应受市舶司管辖，但因有军权，反而喧宾夺主，将市舶司主管蒲氏家族晾在一边。如今泉州空虚，一直在冷眼旁观的蒲氏家族出手了。1362年(至正二十二年)二月，蒲师文的女婿那兀纳发动兵变，袭杀阿迷里丁，掌控了泉州军政大权。这么一来，亦思巴奚军便分为福州的赛甫丁与泉州的那兀纳两股互相敌对的势力。