1862年，对于清朝的中国而言，是不寻常的一年。

在南方，太平天国政权依旧活跃。不过由于太平天国进攻上海，损害了西方列强的利益，他们转而支持清朝镇压天平天国运动。不久太平天国名将陈玉成被捕身亡，太平军屡战屡败，清军紧紧地围困了天京。

不过在中国西北，清朝的内忧才刚刚开始。

一是捻军乘虚进入陕西，二是西北发生陕甘回变。清朝首尾不能相顾，局面近乎崩溃。

1864年，清朝终于攻入天京，轰轰烈烈的天平天国运动终于败亡。但是西北局面更加恶化，西域也多地发生了民乱，次年中亚浩罕国将领阿古柏乘虚入侵新疆，占据辽阔的土地，建立所谓“哲德沙尔汗国”。

这等于是西北的极端主义和分裂势力火上加油，他们相互呼应，试图分裂中国西北疆土，建立更多政教合一的“独立”政权。

1866年，清朝被迫任命左宗棠为钦差大臣，去应付这种混乱不安局面。

左宗棠不辱使命，与西北捻军、极端主义和外国入侵势力斗智斗勇，经过艰苦努力，1871年在陕西杀死民变首领马化龙父子，左宗棠认为如果不除马化龙，则必定成为第二个元昊。

接着，左宗棠多次击败甘肃河州马占鳌部，迫使马占鳌在1872年投降。同年收复西宁，逼退白彦虎部。

在1873年青海的马桂源投降并被处死，白彦虎逃亡新疆和阿古柏同流合污。左宗棠终于平定了陕甘回变。到1877年左宗棠又收复了西域大部分地区，确保了中国对新疆的领土和主权。阿古柏身死，白彦虎带着余部逃往中亚，这就是今天中亚东干人的来源。

左宗棠不仅是一个杰出的军事家，洋务运动的干将，而且是一个伟大的政治家，不愧是中兴名臣。其卓越的政治才能在平定西北民变之际得到充分展示。

在镇压民变的同时，左宗棠就开始摸索善后工作，努力恢复当地的正常生产生活，救济饥民和降者，推行适合当地的劳作方法——代田法和区田法，这些方法有助于抗旱丰产。

民变平定之后，左宗棠为了防止极端主义和分裂主义死灰复燃，制定了十二字方针，“涣其群”、“孤其势”、“散其党”、“收其权”。

在民变中，很多平民背井离乡，流离失所。所以左宗棠迫切需要解决的问题就是如何安置流民。

首先，左宗棠对于普通百姓采取就近、方便的原则进行安置；

其次，左宗棠对于极端势力则采取打散其固有队伍，分头安置的方式，试图避免民变死灰复燃。一方面确实达到了目的，另一方面也开发了西北不少荒地。

左宗棠还提出“简彼族良善者,使自相什伍”的方针，物色人才，比如马占鳌，左宗棠用“能明大义,才堪选用”来评价他。马占鳌也不负寄托，帮助左宗棠平定了不少民变势力，屡建战功。后来马占鳌官至提督衔总兵，权倾一时；其部将马海晏也颇有一些才能。

但是，这种做法没有做到斩草除根，马海晏后人后来先后投靠北洋政府、冯玉祥及蒋介石，但又保持自己的相对独立性。像马步青、马步芳等人横行西北，为祸一方，他们都是民国时期马家军著名人物，曾经杀害红四方面军大量人员，后逃往台湾。

在马化龙死后，左宗棠把其部下以及其它一些人员安置在化平川、圣女川等地，还有一些安置在海原、平凉、隆德、等地。对于当地居民进行了一定幅度的地域调整，确保了当地暂时的安定。