朱元璋出身卑微，对身边的大臣极不信任，建国后多次屠杀功臣，造成了许多惨案。同时他采用刘邦的做法，将20多个儿子全部封为藩王以镇守地方，防止地方反叛势力的复兴。这么做的对边境稳定有利，但也带来了许多弊端。随着藩镇势力的做大，中央难以有效控制，他在世时，依然能够弹压住地方，但一旦年弱天子上台，中央和地方的关系就没那么和谐了。

明初就是面临着这样的问题，在太子朱标死后，可以继承皇位的人因是嫡长孙或者皇次子，但是朱元璋的嫡长孙也同意去世了，所以他选择了让嫡次孙朱允炆，这让他的其它儿子们非常不满。朱允炆面临着地方王叔们势力的做大，他们根本不听中央号令，皇权受到了很大威胁。于是建文帝便启用方孝孺等儒者开始着手削藩，这又引发了藩王们的恐慌。

与汉初七王之乱如出一辙，明朝的王爷们也打起了“清君侧”的名号，朱棣从北京起兵10万，南下攻打建文帝。当时朝廷的兵力是燕军的数倍之多，但燕军由于在北方常年与蒙元交战，所以战斗力异常强悍，而朝廷军有无承平日久早已腐朽不堪，结果朝廷军一路败退，燕军直指南京。

燕军攻下南京城后，皇宫里燃起了大火，士兵从火场中找到了几具烧焦的尸体，但是身份已经无法辨认。但是如果他想合法继承皇位，那就必须宣布当今皇帝已经死亡，于是他就宣称建文帝因“内疚”自焚而死。朱棣知道这也能骗骗百姓，对于侄子是生是死，他仍旧不放心，派人四处寻找，当听说其逃亡海外时，甚至不惜派出庞大的舰队下海寻找。

朱棣终其一生也没有发现自己侄子去向，而关于建文帝下落的传说也就成了明朝的第一谜案。2009年，在福建南平的崇山峻岭之中的上金贝村，专家们发现了一座元末明初的古墓，由于墓室至少被盗过3次，大部分文物已经遗失，也没人能够明确墓主人身份的文字或者物件，但明史专家马渭源经初步考证，根据墓室的型制推定这就是建文帝之墓。

这也印证了诸多史著的记载，朱元璋知道建文帝性格文弱，将来可能不是那些强悍叔叔们的对手，所以给他留了一条后路。在南京城破的时候，建文帝剃光头发，穿上了袈裟，从鬼门逃离出宫，坐船逃离了南京。