1860年10月18日下午两点，英法联军放火烧掉了颐和园的前身清漪园。六天后，皇家园林的毁灭换来了一纸《北京条约》。英国和法国各获得800万两白银的赔偿，英国还攫取了九龙和新界。乾隆皇帝倾尽智慧与热情修建的清漪园，就这样，死了。

1886年9月，醇亲王呈上奏折，请求恢复昆明湖水师操练旧制，同时为了恭迎太后慈禧阅师，请求修复沿湖一带破损建筑，慈禧太后本有修园之意，一直碍于国力衰微，不好意思自己提出来。这份奏折令慈禧太后十分满意，立即批准。虽然园林的修建一直秘而不宣，但是如此大的工程实在难以这人耳目，朝野上下的猜测和议论越来越多。

1888年3月，慈禧太后为了平息舆论，干脆以光绪皇帝的名义发布上谕，称清漪园是乾隆为孝敬母亲修建的，光绪皇帝也要重修它来孝敬皇太后，取“颐养冲和”之意， 清漪园改名为颐和园。

直到这时，已经秘密进行一年多的园林重建工程才大白于天下。

1886年的一天随着上谕的发布，一直为建园经费四处奔走的弈譞从秘密筹款变为公开挪用，而这时大清的海军建设也正进入关键时期。

醇亲王弈譞是咸丰皇帝的弟弟、慈禧太后的妹夫，当朝光绪皇帝的生父。1860年，清漪园被烧毁时，他正跟随咸丰皇帝在承德避难。如今，弈譞已成为慈禧太后最倚重的大臣之一。醇亲王任命一个叫雷廷昌的人围园林工程总设计师。这个家族的人被称为样式雷，世代营建皇家工程，曾经设计建造了避暑山庄、圆明园、畅春园，修缮过紫禁城、天坛和清漪园。

1888年底，也就是颐和园工程公开半年之后，北洋水师正式成军，从此，中国拥有了一直在当时位列世界第八、亚洲第一的海军舰队。

北洋水师在渤海湾举行了一次大规模阅师行动，这些新式军舰都有着威猛吉利的名字，其中包括后来为人们熟悉的镇远、超勇、扬威等。

弈譞为了儿子光绪的利益煞费苦心修建的颐和园，到头来，竟成了儿子的牢笼。就在弈譞去世的那一年，由于经费短缺，海军衙门禁止购买军舰。

1894年7月，在颐和园工程接近尾声的时候，中日甲午战争爆发。在海战中，镇远号被击沉，超勇号和扬威号搁浅起火。其余战舰，或被击毁，或被俘获。

1895年2月，北洋舰队全军覆没，只有那座用海军经费修复的石船，依然静静地停泊在昆明湖上。

1895年3月，海战惨败一个月后，海军衙门被裁撤。同年年底，颐和园修复工程仓促收尾。

从1886年到1895年，颐和园修建全过程历时九年。虽然当时国力衰微，后山以及位置偏远的建筑被放弃修复，但颐和园仍然保留了清漪园的主体风貌。

1907年，颐和园建成12年后，雷廷昌去世。随后，因营造皇家园林二著名的雷氏家族逐渐没落。

民国年间，雷家为了生计几乎卖掉了所有的图纸和烫样，代代相承的技艺最终失传。

2007年6月20日，样式雷图档入选为世界记忆遗产。

今天，随着史料不断丰富，清史专家根据当时修建颐和园的56项工程清单，以及流入园工的其他款项推断，颐和园工程的总费用约为白银500到600万两。在当时，这大致相当于三条军舰的造价。