在民国初年的军阀中，滇系军阀的实力不如直、皖、奉三系。但是滇系和桂系一样,是贯穿了整个民国的老牌地方军阀,首脑人物有唐继尧、蔡锷、龙云等,势力范围囊括云南及贵州四川部分地区。滇军最早可追溯到1907年云贵总督锡良将步队改编成的陆军混成协,次年该协扩编为新编陆军第19镇。

1909年,云南陆军讲武堂开办,这所著名的军校培养了一大批具有新思想的青年军官,成为后来云南辛亥起义的基本军事力量;同时,这所军校也是众多滇军骨干的摇篮。1911年10月30日,云南新军第19镇第37协协统蔡锷联合革命党在昆明发动辛亥昆明起义,并成立“大中华云南军督政府”,以蔡锷为都督,原新军也被统一了编制和番号，滇军开始形成。

辛亥革命后,1912年1月,蔡锷组织北伐军并派唐继尧经黔入川l,但唐继尧趁机控制了贵州,并在入川后与川军争夺地盘而发生武装冲突。5月,入川滇军返回云南,滇军进行了重新整编,统一编为2个师、1个炮兵团。

独立性较强的滇系军阀逐步壮大,军权把持在唐继尧、蔡锷手中。在袁世凯称帝复辟的野心暴露后,1915年12月,唐继尧、蔡锷通电反对袁世凯称帝,宣布云南独立,成立以3个军组成的护国军(蔡锷第1军进军四川、李烈钧第2军进军广西、唐继尧第3军留守云南)讨伐袁世凯,掀起了轰轰烈烈的护国战争。

随着袁世凯众叛亲离身死,护国战争结束,蔡锷出任四川都督,滇系势力扩展到四川。但是,蔡锷很快在1916年11月病逝,滇系迎来了唐继尧时代。

护国战争后,唐继尧野心膨胀,开始对外省扩张,以攫取更大的地盘和权力。1916年,唐继尧将护国军扩编为8个军,并不断增兵四川,控制四川军政大权,为后来川、黔今、滇的军阀混战埋下了伏笔。1917年7月,滇、桂军阀拥护孙中山在广州成立军政府,发起护法战争。

唐继尧阳奉阴违,借机发展自身势力,并组建“靖国军”进攻四川,企图彻底将川、黔两省划分为云南的势力范围。滇军的扩张遭到川军的反击,1920年川军将领熊克武联合川军各部将滇、黔联军赶出四川。1921年2月,唐继尧被迫下野,流亡香港,云南被新任滇军总司令顾品珍统治。

1922年,孙中山发起第一次北伐之时,部分滇军也参与其中,但唐继尧煽动、收买孙中山麾下的滇军,起兵回滇,重掌昆明大权,再次成立靖国军,并将部队改编为3个军、6个梯团、2个旅。次年,滇军唐继尧部再次出兵黔川l,仍遭失败,被驱逐出川境。

1925年,在陈炯明进攻广州之际,为占领两广,唐继尧发起第一次滇桂战争,但以失败告终。北伐战争时期,1927年2月,唐继尧被龙云等地方实力派进行“兵谏”,被轰下台,滇系军阀的唐继尧时代结束。

1927年7月1日,云南正式易帜归顺国民政府,滇军部队被改编为国民革命军第38、第39军。1928年,在滇系内部斗争中胜出的龙云统一了云南,被任命为云南省政府主席,以其为核心的新滇系正式形成。

中原大战中,滇系依附蒋介石,进攻桂系,却大败而归。此后,滇系一蹶不振,直至解放战争胜利,滇系军阀集团消亡。