登基伊始，孝宗便改革不良政令、驱赶奸猾谄媚之臣，一心想改变宪宗时期朝廷政治的腐朽状况。首先，他裁撤了太监，贬抑了奸诈狡猾之人，太监梁芳、尚书万安、侍郎李孜省、僧侣继晓、外戚万喜及其爪牙都或被惩处、或遭贬逐。其次，孝宗开始整饬吏治，裁掉了两干多名传奉官；成化年间因直谏遭贬的官员，如王恕、怀恩、马文升等人皆得以重新任用；孝宗还选拔、提升徐溥、刘健、李东阳、谢迁等贤良之臣参加国家机要事务的处理。

孝宗为了使农业发展、经济兴盛，便下旨动工修建水利。开封段黄河在1489年夏天决口，孝宗令户部左侍郎白昂率领五万人修理整治。苏松河道在1492年因水流不畅导致河水溢出，酿成水灾，孝宗又命工部侍郎徐贯负责整治，约历经三年方完工。苏松周边除去水害后，重又成了物丰人多、盛产鱼米的富饶之地。

孝宗统治时期勤于政务，数次减免灾区粮赋，使农民的负担减少了；他还下旨不准朝廷官员请托公事，不准宗室、勋戚侵占土地，使社会矛盾得到缓和；他还很注重司法，令天下众司审讯犯有重罪的囚犯，谨慎办理刑事案件。《问刑条例》于1500年订立。《大明会典》则于1502年编成。

孝宗对自己的要求却十分严格，他除了准时参加早朝之外，还开设了午朝，让大臣们有更多时机辅助皇帝处理政事。与此同时，他还重新开设了经筵侍讲，向众臣征求治理国家的意见和方法。

此外，孝宗还开创了文华殿议政的形式。这样一来，在早朝和午朝以外的时间，皇帝便可及时和内阁大臣一起商量国内灾情或者边境报警等急迫的事情。

孝宗在武治上也立下过功绩。他打败了吐鲁番，收回了嘉峪关以西的领土。他还下令修长城，抗御蒙古，现固了明朝的统治。

因为孝宗任人唯贤、勤于朝政、提倡节俭、息兵养民，故而在他统治的十八年里，明朝历史上呈现出了少见的政治清明、经济兴旺、人民安乐的局面，在历史上被叫做“弘治中兴”。

生来就身体虚弱的明孝宗于1505年在乾清宫去世，年仅三十六岁，被安明朝开始逐渐走向灭亡。葬在北京昌平泰陵。伴随着孝宗的逝世，明朝的中兴时期也一去不回，明朝也开始走向灭亡。