整个戊戌变法过程中，光绪跟慈禧较大的一场不快，是七月二十九日为开“懋勤殿”（康有为等人用来架空军机处的一个中央高级顾问机构）而进行的争执。这场争执只在皇帝和太后二人之间进行，基本没有大臣在场。除此之外，两人没有很大的不快。因而光绪还没来得及想到要不要干掉母后，政变就发生了。

不过确实有人背着光绪帝琢磨过干掉慈禧的事情，这就是戊戌变法的点子大王康有为。

早在该年六月时，康有为就派人笼络袁世凯了。而到七月底，康党官员徐致靖在康的授意下向皇帝建议召袁世凯进京拱卫（奏折中有“独当一面”之语，即暗示让袁的职权与荣禄独立）。据康党用于稳住袁世凯的毕永年记载，康有为曾说漏嘴：“天子真圣明，较我等所献之计，尤觉隆重。”更说明此事是康有为主使。

八月初二，袁世凯来京谢恩，康有为遂开始计划干掉慈禧的细节。他计划让袁世凯围颐和园，然后由毕永年带一百人“奉诏往执西后”。然而一向以“知兵”自夸的毕永年怂了，不敢答应。于是谭嗣同又建议等康党中另一有“知兵”之名的唐才常来京发动。初三日夜，情况更急，来不及等待唐才常来京，谭嗣同在徐世昌的陪同下直接去见袁世凯，请其起兵直接围颐和园。

接着的事情大家就都知道了。初五日太后回城，初六日早朝宣布训政。维新派没跑掉的都被抓了。除了宋伯鲁因为行政制度上的一个原因而仅被革职、徐致靖由于莫名其妙的原因而仅禁锢外，康广仁、谭嗣同、林旭、杨深秀都未经审讯就给杀了，还饶上俩实在很冤枉的杨锐、刘光第。

所以说，杀慈禧这事情，其实和光绪帝没啥关系，都是康有为、谭嗣同这帮人“皇帝不急太监急”，自己瞎琢磨的结果。从后来唐才常“自立军”迁延日久、自致杀身来看，这帮人好像也不具备搞政变的能力。