这和南宋、南明的合法性没什么关系，主要在于以下几个原因：

1. 金和清的情况完全不同：1127年金朝只是一个取得了一些胜利的部落联合体；1644年的清朝已经是一个管理得当的国家。

1127年，攻破开封时的金朝，只是一个刚刚兴起的部落；推翻契丹统治只有两年（1125年），并没有实际大片国土、不同族群的能力。一直到1137年，金人都在巩固东北、华北新获的土地人丁，根本没有能力来管理中原大部分地区，所以扶植了所谓伪齐政权。同时，由于女真、伪齐无法展开有效统治，中原、北方的义军此起彼伏，与南方的宋军相与呼应。这样一来，南宋小朝廷获得了站稳脚跟的关键时机。

1644年情况则完全不同，入关的满清已经是一个高度发达的政治体。自努尔哈赤统一女真诸部以来，满清在关外已经有了50多年的统治经验，管理着满、蒙、汉等不同族群。行政上，已经可以设官分职，管理基层的农业人口；科技上，甚至都可以自己铸造大炮。没有华北、中原作为缓冲，新兴的南明政权直接暴露在满清的精锐面前，还没有来得及集中有生力量，就面临着被各个击破的困境。

总之，1127年的金朝只是侥幸灭了两个大国的部落联合体，为了巩固自己的政权还有很长的路要走；1644年的清朝已经是一个组织得当的国家——一些历史学家甚至认为，作为一个新兴的火炮国家，此时的清朝和当时欧亚大陆的俄罗斯、奥斯曼、法兰西在同一水平上。

2. 1127年以后，宋军主力并未瓦解，只是需要重建领导体系；1644年，随着吴三桂降清，明朝失去了最后一支精锐。

1127年靖康之难，开封虽然沦陷，但宋军不少精锐还在——为什么会这样呢？因为钦宗把很多来勤王的军队送回去了。

且不说河北、山西还有不少宋军在坚守城池，宋军最强的军队在陕西，此时尚未全面投入战场。1130年张浚在陕西集结大军近20万，与金人大战。虽然最终溃败，但此战之后，宋军不少精锐部队后撤。吴玠部守住了蜀口，保全了秦岭以南；刘锜部后来成为南宋军主力，刘锜后来在顺昌、柘皋等地大败金军，与韩世忠、岳飞等人一样成为一代名将。

明清对峙近半个世纪，明朝的有生力量，或者在镇压李自成、张献忠过程中被消耗了，或者在对清作战过程中被歼灭。尤其松锦之战（1639-1642）中，明军惨败，洪承畴、祖大寿等名将降清。明朝的有生力量，只剩下吴三桂一军，坚守山海关与宁远城。这样一来，吴三桂降清以后，南方各政权已经无兵可用，要从零开始，组织起一支军队，来对抗装备了铁骑、火枪、大炮的吴三桂与多尔衮，自然是困难重重——最后只能依赖左良玉等败将残部，李自成等流寇余部，以及沿海海贼商贩等武装。这些都是没有办法的办法了。

换句话说，赵构面临的问题是军队还有不少，只是不一定听他的；但南明各政权连军队都没有。