都城的护城河南部利用“杨吴城壕”，加宽到约120米；西南利用外秦淮河，在外秦淮河离城较远的段落，另挖城壕；东北面利用玄武湖、前湖、琵琶湖；北面和东南面则另开挖更为宽阔的城壕。玄武湖的西南一角包入城内，留下一个大水塘，即今天的西家大塘。除 13座城门外，城墙两次跨秦淮河，一次跨金川河，各设有东水关、西水关和北水关。

东水关和西水关均设有水闸、桥道和藏兵洞，可以控制秦淮河出入城的水量，作为桥梁供人行走，又是防御工事。水关大小33个券洞，分三层，每层11个洞。上面两层22个藏兵洞，向城外一侧封堵。下面一层11个洞通水，每个涵洞设有三道门，前后两道为防止敌人潜入进程的栅栏门，中间一道用绞关可以闭合，以控制水位。11个涵洞的中间一洞稍大，以活动栅替代固定铁栅，以通舟楫。

外郭是南京所独有的。为了加强京师的城防，外郭围入了幕府山、紫金山、聚宝山（今雨花台）等军事制高点。圜丘（天坛）、方丘（地坛）分别在“正阳门外钟山之阳”、“太平门外钟山之北”都在外郭之内。孝陵、皇家墓地、功臣附葬区也在外郭之内。所以说皇家的所有功能在外郭之内是一应俱全了。

南京都城虽然已将大小山头包进了城内，但城东的紫金山却在城外,紧贴城墙，近临皇城。相传当时年仅14岁的朱棣曾看出都城规划中的致命弱点：“紫金山上架大炮，炮炮击中紫禁城”。城南的聚宝山（今雨花台）、城北的幕府山也是战略高地，都未包入城内。于是朱元璋又按照古制建筑外郭。外郭，明洪武二十三年（1390）四月建，周180里，实际约60公里。外郭的建造，不仅从防卫角度将重要制高点纳入外郭之内，也从功能角度将建在玄武湖的集中了全国户籍的“黄册库”，太平门外的刑部、都察院和大理寺三个衙署，圜丘、方丘和紫金山脚下的明孝陵等皇家陵地，被外郭包括进来了。外郭的建造，还使皇城、宫城大体处于外郭围合的地域的居中位置。

外郭在城门附近的段落以砖石砌筑，其余均为利用黄土丘陵，依山带水夯成的土墙。根据洪武二十八年(1395年)十二月二十二日之前绘制的《洪武京城图志》，外郭共有十六座城门，分别为“沧波、高桥、上坊、夹岗、凤台、大驯象、小驯象、大安德、小安德、江东、佛宁、上元、观音、姚方、仙鹤、麒麟”。明朝中晚期，又在外郭北面和西面城墙上，分别增辟了外金川门和栅栏门，构成了十八座城门。外郭的部分遗迹尚存，俗称“土头城”；大部分已毁，只留下了作为当地地名的外郭城门名称。

从建设规模来讲，南京是当时世界最大的城池。从建设水平来说，能够在南京“虎踞龙蟠”的山水间把厚重的城墙砌筑起来，直至今天仍屹立不倒，体现了高水平的施工工艺。从设计角度来讲，其艺术水平也是到达了封建社会的顶峰，不仅在城市结构上有所创新，在细节的考虑上更是十分突出，例如内瓮城、水关的设计等。另外，由于南京地处江南富庶地区，其文化艺术也深刻影响着城市面貌，大量的石刻和纹饰都是明朝艺术的真实体现。所有的这些因素，使明朝南京城成为了我国传统都城建设的典范。

其影响力最直接的体现就是成为后来都城建设的模仿对象。例如，明成祖朱棣建设北京城时就以明南京城为蓝本。我们今天所看到的北京故宫博物院，在很大程度上就是直接对南京明故宫的模仿，只是在规模上有所变化。明成祖朱棣在夺取明朝政权后，迁都北京，并在营建多年的北京城营建都城。那时北京城的营建完全参考南京的形制，包括了中轴线的空间布置、前朝和后宫的位置、各宫殿的关系以及建筑布局等内容，完全同南京相同。宫城内也是有四座城门，护城河同样也紧贴宫城，起到安全防卫功能。另外，建筑构件的风格也几乎是同南京的宫殿相同，特别是在装饰风格和色彩方面更是一脉相承。

目前城市化的过程中，许多城市为了片面扩大城市规模，忽视了城市特色的建设。城市特色，就字面意义来理解，就是与其它城市的区别。每个城市的历史都是独特的，所以城市历史文化就成了城市特色的体现。南京具有厚重的历史文化气息，这首先体现在城市中随处可见的遗址。明朝的南京更是作为统一王朝的都城，留下了大量的城市遗址景观。南京市近年来着重打造“山水城林”的城市景观，其中“城”指的就是南京城的历史文化特色表达。明代南京城的城市构件和历史建筑遗址，承载着城市记忆，关系到城市文脉的延续，都应成为表达历史特色的珍贵素材。