随着元朝统治中心由蒙古草原地区变为中原地区，蒙古人为维护在中原的统治不得不大量向中原移民，蒙古移民的陆续到来，大大巩固了对汉人地区的统治。中原地区的各族人民离北方草原地区近，很早就与蒙古人有经济文化上的交流，文化差异相对于南方而言较小，加上当时金朝的腐败和残酷的压迫，导致北方的居民对蒙古人排斥性相对不强，当他们进入中原时，汉人更多的时候是配合蒙古人，并且帮助蒙古人建立了元朝。而南人地区，由于全国长期南北对峙，加上离蒙古人地区非常远，经济文化交流较少，使蒙古人与南人的文化差异非常大。在征服南人地区的过程中，蒙古人遭到了比汉人地区更英勇的抵抗，征服南人地区以后蒙古贵族对南人比对汉人防范更加严厉，政治界限也更加严格。元朝统治者在政治上对待汉人要优于南人。

在蒙古贵族进入中原以前，金朝本身就有汉人、南人之分，只是与后来的汉人和南人的含义不同。蒙古人进入中原也把色目人带到了中原，这样加上蒙古人，元朝社会有了四等人，只是这时四等人还没有形成制度。蒙古贵族对离蒙古人统治中心越远的地区，文化认同性就越小，与他们的文化隔阂也越大，由于江南离他们的统治中心非常远，他们就认为江南地区是偏远荒蛮之地。江浙、闽粤地区在当时是人文荟萃、文化发达的地区，而蒙古人则认为它是“穷边险远”、“地极边恶”的地区，“(至正二十四年冬十月)癸酉，江西行院月的米失言:‘广东穷边险远，江西、福建诸寇出没之窟，乞于江南诸省分军一万益臣。”

“(至元)二十七年十一月，江淮行省言:‘今福建盗贼已平，惟浙东一道，地极边恶贼所巢穴，请复还三万户以镇守之。’悉从之。”这些地方蒙古人都不愿去，大都留在北方草原地区。北方草原地区一直都是元朝的中心，由岭北行省管辖，岭北行省在元朝地位很高，统治者一直都没有忘记这片故土，上都在他们心目中的地位不亚于大都，而且元朝皇帝都梦想着死后魂归草原，落叶归根。由于战争和地域相隔太远，元朝皇帝对南人地区非常陌生，对南人的一些行为也很难理解，因此不可能平等的对待南人。元朝统治者重视发展蒙古人地区的游牧业，而往往忽视汉人和南人地区的农业生产。

元朝统治者用文化来区分民族。至元二十一年八月，统治者发布命令“定拟军官格例，以河西、回回、畏吾儿等依各官品充答鲁花赤，同蒙古人;女直、契丹，同汉人。若女直、契丹生西北不通汉语者，同蒙古人;女直生长汉地，同汉人。”这正是蒙古人用文化来区分全国各民族的真实写照，他们正是在这种文化意识的推动下，制定了四等人制，可以看出所谓的元朝四等人制其实质是一种文化问题。

蒙古人是游牧民族，主要以游牧经济为主，他们认为草原比农田更为重要。入主中原后他们把熟悉的游牧生产方式带到中原地区，将农田变为牧场，没有成功，但是对于那些习惯了草原游牧生活的蒙古贵族来说，他们并不甘心，在农业地区还是建立了一些牧场。为了维护蒙古人在中原地区的利益，元朝统治者必须建立一个既能够保护蒙古人利益又能发展农业经济的政策，这就从经济上促使四等人制的出台。

元王朝打破了五代宋辽金以来长期分裂割据的局面，建立了一个统一的多民族国家，为民族融合创造了更为有利的条件，元朝时期各民族的迁徙还在进行着，其迁徙的范围和规模都是前代无法比的。元代时期的民族大迁徙主要是通过俘掠、戍守、出仕、流放、有计划的迁徙和经商等六种途径实现的，“成吉思汗在进攻金朝时，一次就将河北10余万户人迁徙到土拉河流域。”《元史兵志二》载:“世祖之时，海宇混一，然后命宗王将兵镇边激襟喉之地，而河洛、山东据天下腹心，则以蒙古、探马赤军列大府以屯之。淮、江以南，地尽南海，则名藩列郡，又各以汉军及新附等军戍焉。”同时政府为解决戍守军队的军粮问题，采取了屯田政策。

随着戍守和屯田进一步发展，有更多的蒙古人、色目人、汉人、南人被迁徙到了全国各地，被迁徙的人大多生活在同一个地域。在这种各民族大杂居小聚居的背景下，元朝统治者为了维护统治，从实际情况出发，将全国的民族按地域分为四个等级，从这一划分依据来看，四等人制实际上是对五代宋西夏辽金以来民族大融合的一种认可。四等人的划分尽管带有民族歧视的色彩，但从总体上来看，对民族融合还是起着积极作用的，一方面顺应了不同等级的民族长期以来己经有一定程度融合的趋势;另一方面通过民族划分又迫使同一等级内的各民族因政治待遇的相同而日益凝聚在一起以维护本等级人的利益，同时也加速了民族融合，如畏兀儿、回回就是在宋辽西夏金元时期的民族大融合中形成的。在这种全国性民族融合的大环境下，四等人制开始形成并实施起来了。