元朝民族畛域产生的原因，除了维护蒙古贵族的统治阶级的利益和优越地位之外，还有历史根源、李擅之乱、经济差异、地域差异、文化差异、民族心理差别、草原本位主义等原因。从社会历史角度来看，任何一种民族政策的形成都有其社会历史根源，元朝民族畛域的产生也不例外。宋朝统一了南方诸国，以中原正统自居的北方官员，在地理上、心理上难免会有优越感，对南人有所防范，所以宋朝初期重北人而轻南人。尽管这种政策后来逐渐被打破，但北人与南人的矛盾始终存在。

曾有这样的记载，宋太祖赵匡胤有一块誓碑，传给后世子孙，希望他们遵守，虽然文献中对誓碑的内容的记载各不相同，但首要的一条都是不准任用南人为宰相:“后世子孙无用南士作相，内臣主兵。”“艺祖御笔，用南人为相、杀谏宫，非吾子孙”。契丹统治者建立辽朝后，契丹人成为统治民族，而其统治下的汉族、渤海、奚等民族成为被统治民族，契丹人对其统治下的民族实行南北分治，实行南北面官制:“至于太宗，兼制中国，宫分南、北，以国制治契丹，以汉制待汉人。”辽朝日常的决策及所有的军权都集中在出身于北面行政部门的契丹皇族成员的手中。对此北宋人苏辙有评论说:“北朝之政，宽契丹，虐汉人，盖已旧矣。”女真人建立金朝后，女真统治者把全国民族分为女真、渤海、契丹、汉儿等。

在任命掌管兵权和财权的官员时，有“先女真、次渤海、次契丹、次汉儿”的次序。对此元好问也有评论:“盖金朝官制，大臣有上下四府之目，自尚书令而下，左右承相，平章政事二人为宰相，尚书左右承，参知政事二人为执政官。凡在此位者，内属、外戚、与国人有战伐之功，预腹心之谋者为多。”元朝在建立之初，也曾试着实行任用汉官、实行汉法的政策，也取得了一定的成效。元朝在统一中国的过程中，汉族官员也发挥了一定的作用，但随着汉人、南人对蒙古人抵抗的增多，特别是“李擅之乱”的发生，使得元朝统治者对汉人、南人更加猜忌。公元一二六二年二月，汉人世侯李全之子、江淮大都督李擅在忽必烈与阿里不哥争夺大汗之位的时候，趁内地空虚，起兵反叛，杀死蒙古戍兵，并把涟水、海州等地献给南宋，随后又攻占了济南等地。

忽必烈调遣了大量兵力，苦战了数月，才平息了这次“李擅之乱”。“二月丁亥朔，元籍军鼠窜名为民者，命有司还正之。括诸道逃亡军。己丑，李擅反，以涟、海三城献于宋，尽杀蒙古戍军，引摩下趋益都。前宣抚副使王磐脱身走至济南。骚召磐，令姚枢问计，磐对:‘竖子狂妄，即成擒耳。’帝然之。庚寅，宋兵攻新蔡。辛卯，始定中外官傣，命大司农姚枢讲定条格。甲午，李擅入益都，发府库稿其将校。乙未，诏诸道以今岁民赋市马。丙申，郭守敬造宝山漏成，徙至燕京。以兴、松、云三州隶上都。辛丑，李擅遣骑寇蒲台。

癸卯，诏发兵讨之。以赵璧为平章政事。修深、冀、南宫、枣强四城。甲辰，发诸蒙古、汉军讨李擅，命水军万户解成、张荣实、大名万户王文干及万户严忠范会东平，济南万户张宏、归德万户邸侠、武卫军袍手元帅薛军胜等会滨棣。诏济南路军民万户张宏、滨棣路安抚使韩世安，各修城堑、尽发管内民为兵以备。召张柔及其子弘范率兵二千诣京师。丙午，命诸王合必赤总督诸军，以不只爱不干及赵璧行中书省事于山东，宋子贞参议行中书省事，以董源、高逸民为左右司郎中，许便宜从事。真定、顺天、河间、平滦、大名、邢州、河南诸路兵皆会济南。

以中书左承阔阔、尚书怯烈门、宣抚游显行宣慰司于大名，沱磁、怀孟、彰德、卫辉、河南东西两路皆隶焉。己酉，王文统坐与李擅同谋伏诛，仍诏谕中外。王演等以妖言诛。辛亥，救元帅阿海分兵戍平滦、海口及东京、广宁、爵州，以余兵诣京师。诏诸道括逃军还屯田，严其禁。壬子，李擅据济南。癸丑，诏大名，洛磁、彰德、卫辉、怀孟、河南、真定、邢州、顺天、河间、平滦诸路皆籍兵守城。宋兵攻滕州。丙辰，诏拔都抹台将息州戍兵诣济南，移其民于蔡州;东平万户严忠范留兵戍宿州及薪县，以余兵自随。

从此，为了限制汉人进入最高统治阶层，元朝规定:“官有常职，位有常员，其长则蒙古人为之，而汉人、南人贰焉，于是一代之制始备，百年之间，子孙有所凭藉矣。”同时，蒙古人开始重用色目人，色目人越来越为元朝统治者所看重，他们位列于统治集团的第二个层次，有才能者多被重用。元朝统治者用色目人来来牵制、防范汉人、南人，并以此来防止其它各族联合起来与蒙古统治者对抗，孤立最具反抗力的民族群体。