布衣门客程本直上书崇祯请求与袁崇焕同死，崇祯慷慨的满足了他的要求，在关押三年之后，崇祯五年秋，将程本直西市问斩。御史毛羽健，只不过是关心国事，和袁崇焕探讨了一下五年复辽的具体措施，也被崇祯视为袁党而遭革职，从此绝迹官场。

出卖恩主的副总兵谢尚政在圆满完成指证任务后，梁廷栋没有食言，崇祯三年八月谢尚政被任命为为总领南兵总兵官。同年十一月，转任为贵州总兵，四年二月又转任为福建总兵。本次调动，谢尚政迟迟不肯赴任，托病不出，经兵部多次催促依然不动。九月，崇祯下旨令其致仕（退休），第二年又下旨，将谢尚政永不录用。之后谢尚政一直在广东养老，直到十几年后，清兵南下广东，谢尚政在城中作乱，为清军破城立下大功。

崇祯十七年，李自成攻入北京，明朝灭亡，福王在南京继位，是为南明。随着清军进逼，朝中出现了给袁崇焕平反的声浪。在朝的两位广东人主事梁稷、内阁中书邝露（也是袁崇焕的好友）上疏给袁崇焕鸣冤，朝廷同意服爵赐葬。没多久，福王覆灭，桂王朱由榔在广东称帝，赐袁崇焕谥号“襄愍”（熊廷弼的谥号也是襄愍），按照谥法，“襄愍”解释为：“甲胄有劳曰襄”；“佐国逢难曰愍”。属于赞扬性的褒谥，用来表扬有军功但蒙冤遇害的大臣，，但是并没有完全平反。

乾隆四十七年的一天(1782) ，已经七十二岁的乾隆皇帝，在灯下批阅《明史》，翻到袁崇焕传一节，老皇帝颇有感触，第二天给军机大臣下旨:

“谕军机大臣等: 昨披阅明史，袁崇焕督师蓟辽，虽与我朝为难，但尚能忠于所事。彼时主昏政暗，不能罄其忱悃，以致身罹重辟，深可悯恻。袁崇焕系广东东莞人，现在有无子孙? 曾否出仕? 著传谕尚安、详悉查明，遇便覆奏。”

老皇帝使用汉语词汇的水平相当巧妙，用了“与我朝为难”五个字，好像袁崇焕是街头的泼皮无赖，专门给他们家找茬。既点出了袁的过人之处，又避开了他祖宗受挫于袁的尴尬之事，不愧为老政治家的语言艺术。

广东巡抚尚安，经过寻访，找到了袁崇焕同曾祖的堂弟袁崇烨的玄孙（四世孙）袁炳。乾隆传谕，要求按照熊廷弼裔孙的先例，授予袁炳候补训导（训导从七品，约相当于分管教育的副县长），如能粗晓字义，人尚明白，就授予佐杂（州县衙门辅助主官的僚属）。

乾隆为何要给袁崇焕昭雪沉冤？作为一个政治家，一言一行，首先考虑的是政治利益，乾隆自不例外。此时距离满清入关已经一百三十多年，反清复明的声浪基本上杳无声息，清朝的统治完全稳定。平反袁崇焕一来显得满清政府胸怀宽广，不计前嫌，二来褒奖袁崇焕的忠烈，从而激发全国臣民，尤其是汉族臣民对清室的效忠之心，一举两得，何乐而不为？

再者，精忠报国，本来就是中国传统政治中的一条公认的重要伦理，它不因服务任何一个政治集团而降低价值，特别邪恶的政治集团除外。改朝换代之际，都会有人尽忠他所在的政治集团，拼死抵抗敌对的政治集团，即使失败身亡，往往都会得到获胜一方的尊敬和褒扬。

而卖主求荣、吃里扒外的尽管一般也会得到新主子的封赏，但新统治集团骨子里却对其有一股说不出的鄙视，运气不好的甚至可能被新主子赏吃一刀。乾隆此举，没有脱离中国政治传统。

嘉庆元年（1796年），经东莞人翰林院检讨梁朝锡奔走，广东巡抚的陈大文等呈请将袁崇焕入祀乡贤祠，获得嘉庆皇帝的准许。

可叹的是，最终给袁崇焕彻底平反的竟然是他与性命相搏的皇太极的后人。嘉庆二十三年（1818年），袁崇焕祠堂在东莞落成。袁崇焕的精魂毅魄漂泊关山近两百年之后，才回到生他养他的故乡。正是，“华表柱头千载鹤，旅魂终得到家山。”