唐朝贞观十七年(公元643年)二月二十八日(3月23日)，唐太宗"为人君者，驱驾英材，推心待士"，为怀念当初一同打天下的诸多功臣，命阎立本在凌烟阁内描绘了二十四位功臣的画像，是为《二十四功臣图》 ，比例皆真人大小，画像均面北而立，太宗时常前往怀旧。阁中分为三层：最内一层所画为功勋最高的宰辅之臣；中间一层所画为功高王侯之臣；最外一层所画则为其他功臣。

秦琼在正史记载中为隋唐第一员猛将。当初秦琼同瓦岗一伙投奔李唐之后，秦琼更是战绩斐然，多年征战，攻打窦建德、刘黑闼、王世充时，都立下了大功。为唐高祖李渊所看重，更是高官厚禄赏赐不断。与其说秦琼是李世民的手下，倒不如说是李渊的臣子。当时李渊对秦琼非常欣赏，私下里的关系也不错，在李唐初得天下之际，秦琼就已经是大臣中爵位最高的一个了。

但就是这样一个人，在李世民上位大封群臣时，却有意无意的越过了这个人，在设立凌烟阁，排列二十四位功臣之时，更是把秦琼排到了最后。秦琼，他的功劳主要在大唐建国的过程中，玄武门之变，他根本就没参与。

除了没有参与玄武门之变（尉迟敬德就参与了，所以排在第六位），还有一点，他死得早。他死在了638年，可是凌烟阁是643年修建的。这时候他已经死了五年，大家排排坐的时候，他只能靠别人代言，作为皇帝，肯定要先考虑生者的感受，反正死人也不会发牢骚。加上前期秦琼还为差点杀死李世民的单雄信求情（最后还是被杀了），也在李世民心里留下了一根刺。

在正史之中，领军打仗，个人的勇武只能算是锦上添花，统帅能力才是关键，所以李世民东征西战，真正倚重的还是李靖、侯君集等将领，纵然秦琼威望很高，但是奠定李唐江山的却还是如长孙无忌、房玄龄、张公谨等重臣。

综上所述，加上秦琼晚年明哲保身，主动交出兵权，偏居一偶，所以在凌烟阁排序是把他排到最后一位也就不奇怪了。

凌烟阁二十四功臣是李世民封的，这个排序是以李世民为视角的，其顺序也符合李世民心中李氏王朝和李世民上位的功臣顺序。在古代皇权社会中，符合皇帝的利益才是最重要的，以现代视角看明朝的于谦，他对明的功劳是居功甚伟的，然对明英宗而言于谦该死，这就是角度不同所致。