巡按初次在历史上露面是在唐朝，唐天宝五年（公元746年），玄宗李隆基派官巡按天下风俗黜陟官吏；由此，巡按御史开始出现在历史舞台。

到了明代，巡按制度成为朝廷监察制度的重要组成部分。

明代从开国皇帝朱元璋统治时期开始派遣御史巡按地方州县，曾是以“欺隐官租”的“贪污”罪名抓了190余名官吏。明成祖永乐元年（1403）将派遣巡按御史巡视地方作为正式制度确定下来。规定：全国分十三省每省为一道，共设监察御史一百一十人。巡按御史由监察御史中选出，每名巡按的产生都要经过甄选，都察院挑选出两名候选人后到皇帝面前接受考核，由皇帝钦点后重点交谈。每年八月出巡，官制七品。但因为是“代天子巡视”监察省州县各级官吏，拥有“大事奏裁，小事立断”的特权。

清承明制，顺治元年（1644），对朱元璋治国之法极为推崇的顺治，在其亲政后几乎全盘复制了朱元璋时期的反腐措施，以“察吏安民”为宗旨，在刚刚建立新政权的清廷恢复了巡按制度。

与明代相似，清初的巡按御史作为“天子耳目之官”，首要职责是“察吏安民”，而履行职责的主要方式就是对违法犯罪的官吏进行纠弹，上可弹劾部院大臣、督抚、总兵等朝廷重臣，下可纠举州县、书吏等亲民之官。

顺治时期（公元1643年—1661年）共四次派出巡按：前两次分别是多尔衮摄政时期，和顺治正是亲政之前；第三次是顺治十二年七月至十七年七月，然后被暂时废除；第四次为顺治十七年十一月重启。然而，顺治于顺治十八年（1661）正月初七突然病逝，五月巡按制度就宣告暂停，这一停就停了二百多年。这又是为什么呢？

巡按制度的废立背后，是清朝皇权与贵族之间的明争暗斗，期间还掺杂着清朝初叶官场上的满汉矛盾。

顺治十二年六月初一顾仁、叶舟等17名汉族巡按御史开始巡视四方，但很快就出现了问题：以顾仁为首的一些巡按御史身为纠察地方官风的朝廷直属官员却带头试发，屡屡贪赃枉法。稍后，巡按御史王秉衡、牟云龙、仵劭昕等纷纷因索诈、贪黩、诬告等秽事落马。

又因为清初地方官员绝大多数均为满蒙出身，出于维护自身利益的考虑，巡按制度激起了满蒙利益集团的强烈不满，由此产生了巡按存废的反复论争。在顾仁、王秉衡等人犯事儿后，满族贵族借此发难，要求停止巡访。经过一番朝廷上的角力，倍感满蒙贵胄压力的顺治很不情愿地接受了意见：顺治十七年七月裁汰巡按。

然而，事情并未了结，仅仅刚过去半个多月，八月十二日陕西道试监察御史陆光旭便上书揭发了“满汉废巡按的背后不可告人秘密”。顺治看罢大怒，两个多月后，经议政王大臣会议讨论：巡按制度予以恢复。

然而，天有不测风云人有旦夕祸福，一个多月后顺治驾崩。顺治十八年五月，兵部尚书管左都御史事满臣阿思哈提出停遣巡按，得到辅政四大臣的同意，巡按制度就此停废。

但如果说单是由于满族贵族的反对，就使巡按制度最终成为历史名词，那显然也不完全合乎历史。

康熙后期和雍正、乾隆时期，皇权全面压制贵族权力，但为什么三人都反对重新恢复巡按制度呢？其奥秘就在于地方督抚的反对。

总督、巡抚在明代后期已经有了地方实权，一些省的布政使（相当于现在的省长）基本已经成为了巡抚的下属，提督也成为了总督的下属。而清朝在整体运作上，也使督抚逐渐地方实权化，清廷最终于乾隆年间完成了督抚制度的变革，形成了完善的督抚体制。

显然，康雍乾三朝不可能为了巡按来破坏这种大的趋势，顺治朝也是如此。由此，巡按制度就只能寿终正寝了。

可以说，正是因为巡按制度被废除，才彻底使得清朝的贪腐问题愈发严重，特别是督抚领导下的地方政权。因为，地方督抚的权力已经没有了制衡的一方，无论是养廉银还是其它制度，都无法阻挡这种趋势。