朱元璋在北伐推翻元朝后，北元分裂后的蒙古势力一直都是明朝的北方大患，但是到了清朝的时候，显然蒙古对于清朝的威胁大幅度降低，除了曾雄霸西北的葛尔丹再无严重威胁清廷的军事力量，那么清朝时期对蒙古实行了何种政策呢？

首先能想到的是，清出身关外，和蒙古有天然联系（清皇族实际上就是蒙古族出身），立国之初就满蒙联姻，后来是满蒙共治，著名的孝庄就是蒙古族。清对蒙古是拉打结合，统治是成功的。

还有一点就是清廷用了一个损招，蒙古人口锐减和清朝推行喇嘛教密不可分，一半壮丁做了和尚，所以马背上的雄鹰，短短几百年就成了鹌鹑，世界上凡是佛教盛行的国家，唐僧取经路上繁华的西域佛国都湮灭在历史里，满清立国正是看到了蒙古的潜在威胁，才在草原上大量修建喇嘛庙，好处是稳定了国内，坏处是造成人心懦弱，都寄希望于来世，不思进取。

满人更是让蒙古人按区域分治，让各个王爷互相牵制，将蒙古的生产方式由自由游牧向相对固定的游牧的转变，才彻底地改变了蒙古人的行为和思想。自由游牧时随时要面对外部落的掠夺，随时可能发生冲突，并且可随时掠夺外族。在他们眼中任何外族的财产、人口、土地都是他的猎物。而相对固定游牧后，他们的冬季和夏季牧场固定并有明确的界限，即使有纠纷也由旗主王爷解决，长期不打仗导致尚武精神的衰落。

同时在蒙古族各部落大量征兵为清政府戍边，这部分人要么战死了，要么被同化了。另外六百年来，蒙古高原的气候发生了巨大的变化，加之分封导致不能有效轮牧，牧区经济封闭落后，蒙古族的发展受到了一定的阻碍。

满清绝不是只用了一招。康熙雍正乾隆屡屡对西蒙，也就是准格尔用兵，直到到乾隆下令灭族，才将其彻底消灭。其它蒙古族群再也不敢反叛。只靠宗教手段是不够的。乾隆，作为皇帝下令灭族屠杀，是中国历史上极罕有的 。明朝皇帝是不会下这样的命令的，否则形势可能就是另一样。

而且蒙古的衰落其实可以追溯到明初的时候，蒙古的衰落是因为大明的围剿和燕云十六洲的回归，最适合生存和繁衍生息的地方重新回归华夏，蒙古族被驱赶到相对不适合生存的寒冷地区，可以说蒙古人的衰弱和人口锐减，始于元末的各路义军的持续围剿，和后来明大祖和明大宗二位皇帝的不断深入打击，深入蒙古境内不断进剿，使蒙古的黄金家族几乎覆灭，作鸟兽散四散逃亡，变为四分五裂的部落，作窝里斗，当然，明朝并未对蒙古人完全斩草除根。后来清廷的做法只是使蒙古人更加衰弱而已，这么看的话，清朝多少有捡漏的意味。

元朝末期的七十年间，明灭元朝之前元的疆域已经萎缩了，失去了欧洲和中亚的大片疆土，成吉思汗的儿孙们在那里成立了自己的国家，从元朝分裂出去了。许多蒙古人因此留在了欧洲和中亚，而且连宗教信仰也发生了根本性的改变，一部分信仰了基督教，绝大多数信仰了伊斯兰教。这也是蒙古人减少的因素，也就是说蒙古高原上的蒙古人少了。