说明：揣度题主在题干与备注里的意思，这个合格似乎是指“大一统王朝的首都”（偏安或短命即为不合格），所以寒某这个就从这个角度入手了。

根本原因在于，南京无法作为秦汉以来一统帝国抵御塞北族群侵袭的战略中枢，换言之，南京的塞外作战半径要远大于太行山外的历朝古都。

虽然长江流域自汉末以来便不断通过数次北方大乱的移民潮将其自然条件优势逐步发挥出来，并成为中国的经济中心。但对于古代中国，尤其是秦清之际的古代中国而言，一个更为靠近塞北族群的军政中心才更符合一统王朝的国防安全需求。

毕竟，以古代的运输能力，虽然政、经中心南北分离会增加日常运成本（大运河的维系），但在战时拥有一个靠近前线的军政中枢，要远强于一个作战指挥、资源调拨、资源主要供给地都在南方的都会。下面上两个图解：

注意，历代统一王朝的国都都是在太行山与渭北以西这片缓冲区以南以东，并且紧挨着缓冲区边缘。且，西安-洛阳-汴梁-邺城-北京一线，也是随着塞外重心自漠北向辽东移动的趋势所东移的，可见塞外作战对于统一王朝的重要性。

注意，南京距离河西西域一线、漠南北一线、辽东东北一线的交通距离远大于西安-洛阳-汴梁-邺城-北京一线上任何一点。

所以，以南京作为统一王朝的首都，然能够令统治集团坐享财货滋润，却难以避免塞外战争时期军事出击或军事反应的迟钝，这对于屡屡受到塞外势力大举干扰的中原地区是致命的。

而且，从地缘文化与军事地理的角度上讲，关陇、三晋与幽燕，地近北族，民风往往相较于南方更加彪悍好武。保持军政中心在三地及其附近不仅有助于提升王朝的武人素质（例如汉代关西出将）与北民从军的政治地位（反例如孝文帝南迁降低北镇地位，引发动乱），而且更易于保持对三地的稳固控制（反例如桓温刘裕北伐成果无法巩固）。

何况，对于元清二朝而言，南京过于深入中原内腹，无法满足其巩固满蒙、笼络西部的目的，自然远远比不上大都与北京咯。

综上，初步发展时期的建业建康便只能做半壁江山的都城，集经济重心南移之大成的南京便只能短暂地做初步统一的一统都城，却无法做一个满足塞外作战需求（唐宋明）或联络塞外地区需求（元清）的一统王朝长期都城。所以，南京虽然经济合格，却在事关国防安全的军事上面相当不合格，以至于极大地削弱了其成为全国性政治中心的资格。