早在2013年时，国内权威媒体就曾经公开报道了直径9米的超大直径高强度耐压壳体研制建造成功的消息，采用此耐压壳体建造的039C型常规潜艇，其下潜深度据推测可达到300米以上，其水下作战性能将不输于名声在外的苍龙级AIP常规潜艇。

039C是039常规潜艇的深度改进型，其最大的外部特征，就是指挥塔围壳面积显著缩小，且围壳与艇身连接处不再是直角，而是采用了流行的填角结构，将明显降低水流与艇身接触时产生的噪音。

基本型加各种改进型的039潜艇约建造了17艘，现在全部在役，是海军第一个能在水下远距离发射反舰导弹的常规潜艇，基本型21世纪初已全都取代033型以及035型潜艇成为海军的主力常规潜艇。

039C型潜艇选用了主流常规潜艇的鲸首艇型，艏部线型极为丰满，满足了布置较大体积声呐设备的要求，具有一个直径9米与035型潜艇大致相同，但相比于海军之前的常规潜艇是一种改进的水动力学光滑外形。

赋予了039C型潜艇在水面航渡与通气管状态航行时，能够有效降低兴波阻力；在水下航行时，则具备更低的航行阻力以提高航行速度；艉部呈水滴线型，采用了单轴单桨推进系统；十字型艉舵，具有良好的操纵性能。

全艇从艏部至艉部，依次可分为雷弹舱、指挥舱、前蓄电池舱、后蓄电池舱、柴电机组舱、推进电机舱和轴系舱等，艇长约74.9米，艇宽8.4米，采用了不依赖空气的AIP动力系统推进，提高了039C型潜艇待在水下的时间，而不必似依赖空气的常规潜艇那般，需要经常上浮潜望镜深度或干脆浮出水面补充空气，提高了战时的隐蔽性能，事实上提高了039C常规潜艇的作战能力。

039C型潜艇，在其艇艏布置了6具533毫米鱼雷发射管，其中2具可用来发射线导鱼雷，其他则可发射声自导鱼雷以及潜射反舰导弹，此型艇通常携带6枚线导鱼雷、6枚声导鱼雷以及6枚潜射反舰导弹，携弹量约为18枚；战时也能布放水雷，可携带各类爆炸威力极大的水雷30枚。

正因为有了潜射反舰导弹，039基本型和改进型潜艇的作战能力大幅提高早已退役的033型和035型潜艇，提高了潜艇在潜航状态下的作战隐蔽性，且提高了战时的生存能力，不易被对手发现以及击毁。

039型潜艇非常注重自动化和信息化，配套了新型侦察和噪声测距声呐，以及雷达、光电潜望镜、红外成像仪、电视摄像机、电子对抗系统、激光测距器和通信指挥系统等装备，提高了其观察搜索与情报通联能力，基本上实现了全艇自动化，各项指标和技术都达到了世界先进水平，成为了真正意义上的“大洋黑洞”。