在海军里，舰艇编队司令官所乘坐的战舰叫“旗舰”，也就是俗称的指挥舰，根据传统，只要舰艇搭载着司令官，就要把代表司令官的旗帜悬挂在舰艇的主杆上面，旗舰的这个称呼就是从这里演变而来的。.
在海军早期的时候，海军都是以大为胜，所以那个时候的指挥官都是以最大的军舰为旗舰，同时也需要一个较大的空间去指挥战争，一般不出什么意外的话，除非被击沉，一般是不会变的。
而到了20世纪的时候，这个时候是也是将最大的军舰作为旗舰，就拿日本原来的海军联合舰队来看，在大和号出现之前，舰队里的期间一直都是长门号战列舰，等到了1941年的时候，刚服役的大和号战列舰就立马就取代了长门号，成为了旗舰。
而等到二战结束之后，这个时候的舰艇通讯技术更加完善，水面上的舰艇一般都可以当成指挥舰去使用，所以旗舰慢慢的就从舰队里航速最高，指挥条件最优良的舰艇担任。
这个时候已经出现了航空母舰了，但是为了保护指挥官的安全问题，一般都是由巡洋舰担任这个重任，而不会去选择航空母舰了。
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