孙杨的导师是上海体育学院运动科学学院院长刘宇。刘宇是国内体育学科中首位获得教育部“长江学者”特聘教授称号的教授，其研究方向为运动生物力学、神经肌肉系统动力学、体育工程。对孙杨来说，现在正是东京奥运的备战期，外界也都很关注他将如何兼顾攻读博士学位。对此，上海体育学院院长陈佩杰表示，上海体院的每一位博士生都会有规定的培养计划，但孙杨的情况会更加特殊，既要考虑他的学业，又要充分保证他的训练，因此上海体院会针对他专门制定培养计划，开展多种方式的教学，既有学校里面对面的课程，也会通过网络进行线上教学。

完成新生报到手续后，孙杨将与他的导师刘宇就下一步的计划进行深入的沟通和交流。在读期间，孙杨至少需在学校认定的三类权威及以上期刊发表本专业学术论文一篇，且在CSSCI、CSCI期刊上发表本专业学术论文一篇，才可以申请毕业论文答辩。博士论文需要在学术上有创新点，孙杨想要顺利拿到博士学位并不容易。

孙杨在开学典礼上除了表达自己要努力学习、成为一名合格的博士生之外，还对现场的同学们表示，“希望大家今后能在各类专业课上给我更多辅导，我可以免费教大家游泳。”孙杨的父母都曾在上海体育学院学习过，现在孙杨也成为这所学校的一员，成为了父母的校友。据北青报记者了解，为了专注学业和训练，孙杨将肯定不会参加10月中旬在山东日照举行的全国游泳锦标赛，是否参加年底在家乡杭州举行的国际泳联世界游泳短池锦标赛目前则尚未最后确定。