XX 生信人

分享过很多分析核心基因的文章，比如铜死亡相关基因、铁死亡相关基因、失巢凋亡相关基因等等，相信大家已经都很熟悉了。小编考考大家，筛选到相关的核心基因之后，具体如何应用？

大家可能会说，不就是构建分析模型嘛。是的，没错。构建模型之后呢？我们可以应用在什么方向呢？是不是懵住了？贴心的小编感应到了大家的需求，马不停蹄的为大家整理了相关思路

一、中药方向

2022-7-12发表于Aging IF 5.95

这篇文章验证了复方贞术调脂对去卵巢骨丢失的治疗作用。这部分的核心基因里涉及到中药活性成分及靶基因，首先需要筛选中药的活性成分，与疾病差异表达基因进行共基因的筛选，筛选出核心基因，接下来就可以进行后续分析了，文章是用湿实验验证的方式。我们如果不方便进行湿实验的验证，肿瘤的话可以构建模型并评估中药的预后价值，疾病的话可以进行诊断效能评估。

图1 活性成分与目标基因网络图

图2 核心基因网络图

二、免疫治疗

2022-7-12发表于Frontiers in immunology

文章通过肿瘤免疫表型相关核心基因进行预后分析。首先筛选与肝癌预后、肿瘤免疫表型及肿瘤微环境相关的核心基因，进行构建模型分析患者生存情况、免疫治疗的效果，筛选肝细胞癌患者免疫治疗相关药物。

图3 文章流程图

图4 肿瘤免疫表型评分与HCC患者的预后及免疫状态相关

三、评估预后

2022-8-17发表于Scientific reports IF 4.99

文章明确STING在LUAD中的表达和甲基化状态，并分析其在预测LUAD患者中的预后作用。首先作者已经明确了要分析的基因——干扰素基因刺激因子（STING），对STING的表达水平、甲基化水平和分别对预后的影响，最后构建列线图评估预后。所以这里我们学习到的思路是对于既定目标基因，可以对它的表达、修饰等情况做具体分析，同样我们也可以构建STING单基因signature评估患者的预后，这就又回到了我们一直在提的核心基因分析的思路上。

图7 构建列线图评估预后

四、细胞株基因敲除

2021-2-25 发表于Frontiers in oncology IF 5.73

文章研究PAFAH1B3在胃癌中的表达与分子途径的关系、与免疫细胞浸润评分的相关性并且验证了PAFAH1B3抑制胃癌细胞凋亡和增殖。首先通过生物信息学对PAFAH1B3在泛癌中的表达和对预后影响进行分析，接下来进行富集和免疫浸润相关分析，最后用细胞株基因敲除验证PAFAH1B3在胃癌的发生发展过程中的作用。在这里小编提供大家另外一个思路，肯定有人猜到了~就是构建单基因signature，进而评估预后和免疫浸润等感兴趣的方面，最后我们同样可以用细胞株基因敲除的方式进行验证。这样文章的故事就比较好讲述了，而且具备高分文章的要素。

图8 敲除PAFAH1B3可抑制胃癌细胞的增殖和迁移

以上是核心基因具体的可应用场景，那么问题来了，如果进行了一系列繁琐的分析之后，得到一个阴性的结果呢？是不是对于我们的科研积极性是一个不小的打击？

有一个办法可以轻松解决这个问题，那就是提前进行验证，前置可能产生阴性结果这种情况，避免在没有研究意义的方向越走越远。